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zhen_fang

银虫 (正式写手)

[求助] Autodock的MGLtool软件在导入配体分子时候出现异常,怎么解决 已有1人参与

我的配体分子是多肽AAPF,已经放在附件。

另外附图一张,左边是图形软件打开多肽的形状,右边是用安装MGLtool软件的GUI界面打开。右边另类的模型直接导致后续的autoaock操作失败阿,很急,求大神指点阿,我已经熬夜反复弄了Linux或者Win系统都失败,快难过死了

Autodock的MGLtool软件在导入配体分子时候出现异常,怎么解决
搜狗截图14年06月16日0136_1.png
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earth

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 16:00:20
把配体原始坐标和优化后坐标贴一下看看。
6楼2014-06-17 05:56:21
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zhen_fang

银虫 (正式写手)

这是多肽的附件

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  • 附件 1 : 40817-33-2.pdb
  • 2014-06-16 01:47:06, 4.08 K
2楼2014-06-16 01:47:38
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


配体没有经过能量最小化优化吗?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2014-06-16 11:27:07
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zhen_fang

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2014-06-16 11:27:07
配体没有经过能量最小化优化吗?

配体也要优化吗?优化之后导入的结构也会出现这样的差异吧?我把没有优化的蛋白结构导入就没有发生这样的变化。总之,谢谢了
5楼2014-06-16 15:07:39
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