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幻亦真

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[求助] 把autodock的对接结果保存为PDB之后，做分子动力学出现的问题，求高手...已有2人参与

是这样的...我的autodock对接是将一个6肽片段对接到一个32肽上（两个肽都是一条链）。得到结果，并用DS或者ADT将结果转换成PDB格式后，发现6肽片段不能以多肽的形式表示出来（如下图，文本中打开）
HETATM  280  C UNK    0    28.728  56.673  64.536  0.00  0.00          C
HETATM  281  C UNK    0    30.424  57.661  65.652  0.00  0.00          C
HETATM  282  N UNK    0    29.102  55.834  65.568  0.00  0.00          N
HETATM  283  C UNK    0    30.133  56.417  66.279  0.00  0.00          C
正常的肽的格式应该是（如下，文本打开）
ATOM 254  O GLY A  38    11.693  55.593  63.060  0.00  0.00          O
ATOM 255  H GLY A  38    12.331  57.419  64.317  0.00  0.00          H
ATOM 256  N VAL A  39    13.179  53.901  63.001  0.00  0.00          N
ATOM 257  CA  VAL A  39    12.487  53.181  61.928  0.00  0.00          C

我的目的是想把对接的构象进一步做分子动力学，但charmm只能识别受体32肽，不能识别6肽。请教如何将6肽变成可识别的格式？或者如何实现结果构象做动力学？

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1楼2014-07-17 15:57:35

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幻亦真

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我个人先顶一个，希望用autodock结果做过动力学的大神不吝赐教啊！！

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2楼2014-07-17 15:59:33

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ferlich

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★
感谢参与，应助指数 +1
幻亦真: 金币+1, ★有帮助 2014-07-19 09:11:56

本帖内容被屏蔽

3楼2014-07-18 16:08:30

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引用回帖:

3楼: Originally posted by ferlich at 2014-07-18 16:08:30
把unk改成你对应的residue name

HETATM 280 C UNK 0 28.728 56.673 64.536 0.00 0.00 C

ATOM 254 O GLY A 38 11.693 55.593 63.060 0.00 0.00 O

我修改过，DS软件确实可以识别6肽了。但是VMD还是不能识别，也就不能做动力学

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4楼2014-07-19 09:16:47

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