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把autodock的对接结果保存为PDB之后，做分子动力学出现的问题，求高手... 已有2人参与
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是这样的...我的autodock对接是将一个6肽片段对接到一个32肽上（两个肽都是一条链）。得到结果，并用DS或者ADT将结果转换成PDB格式后，发现6肽片段不能以多肽的形式表示出来（如下图，文本中打开） HETATM 280 C UNK 0 28.728 56.673 64.536 0.00 0.00 C HETATM 281 C UNK 0 30.424 57.661 65.652 0.00 0.00 C HETATM 282 N UNK 0 29.102 55.834 65.568 0.00 0.00 N HETATM 283 C UNK 0 30.133 56.417 66.279 0.00 0.00 C 正常的肽的格式应该是（如下，文本打开） ATOM 254 O GLY A 38 11.693 55.593 63.060 0.00 0.00 O ATOM 255 H GLY A 38 12.331 57.419 64.317 0.00 0.00 H ATOM 256 N VAL A 39 13.179 53.901 63.001 0.00 0.00 N ATOM 257 CA VAL A 39 12.487 53.181 61.928 0.00 0.00 C 我的目的是想把对接的构象进一步做分子动力学，但charmm只能识别受体32肽，不能识别6肽。请教如何将6肽变成可识别的格式？或者如何实现结果构象做动力学？ |
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