应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 把autodock的对接结果保存为PDB之后，做分子动力学出现的问题，求高手...
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 2175  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

幻亦真

铜虫 (初入文坛)

[求助] 把autodock的对接结果保存为PDB之后，做分子动力学出现的问题，求高手... 已有2人参与

是这样的...我的autodock对接是将一个6肽片段对接到一个32肽上（两个肽都是一条链）。得到结果，并用DS或者ADT将结果转换成PDB格式后，发现6肽片段不能以多肽的形式表示出来（如下图，文本中打开）
HETATM  280  C   UNK     0      28.728  56.673  64.536  0.00  0.00           C  
HETATM  281  C   UNK     0      30.424  57.661  65.652  0.00  0.00           C  
HETATM  282  N   UNK     0      29.102  55.834  65.568  0.00  0.00           N  
HETATM  283  C   UNK     0      30.133  56.417  66.279  0.00  0.00           C  
正常的肽的格式应该是（如下，文本打开）
ATOM    254  O   GLY A  38      11.693  55.593  63.060  0.00  0.00           O  
ATOM    255  H   GLY A  38      12.331  57.419  64.317  0.00  0.00           H  
ATOM    256  N   VAL A  39      13.179  53.901  63.001  0.00  0.00           N  
ATOM    257  CA  VAL A  39      12.487  53.181  61.928  0.00  0.00           C

我的目的是想把对接的构象进一步做分子动力学，但charmm只能识别受体32肽，不能识别6肽。请教如何将6肽变成可识别的格式？或者如何实现结果构象做动力学？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-07-17 15:57:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

幻亦真

铜虫 (初入文坛)
我个人先顶一个，希望用autodock结果 做过动力学的大神不吝赐教啊！！
赞一下 回复此楼
2楼2014-07-17 15:59:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★
感谢参与，应助指数 +1
幻亦真: 金币+1, ★有帮助 2014-07-19 09:11:56
本帖内容被屏蔽
3楼2014-07-18 16:08:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

幻亦真

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ferlich at 2014-07-18 16:08:30
把unk改成你对应的residue name

HETATM  280  C   UNK     0      28.728  56.673  64.536  0.00  0.00           C  

ATOM    254  O   GLY A  38      11.693  55.593  63.060  0.00  0.00           O

我修改过，DS软件确实可以识别6肽了。但是VMD还是不能识别，也就不能做动力学
赞一下 回复此楼
4楼2014-07-19 09:16:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
幻亦真(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-22 18:48:38
你的6肽结构是否像一个蛋白？换句话说，当你将residue name改完以后，用pymol,rasmol,vmd等软件看一下，很有可能是坐标位置不对，不像多肽结构
赞一下 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-07-19 10:18:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

幻亦真

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by polypro at 2014-07-19 10:18:58
你的6肽结构是否像一个蛋白？换句话说，当你将residue name改完以后，用pymol,rasmol,vmd等软件看一下，很有可能是坐标位置不对，不像多肽结构

是蛋白质。vmd打开analysis>sequence show里面只显示我的受体32肽，不显示6肽配体。 分子信息中显示有38个肽...
赞一下 回复此楼
6楼2014-07-19 21:49:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

把你38肽的坐标贴上来看看吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
7楼2014-07-20 17:07:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gengkj

金虫 (小有名气)
您好，我如何把autodock的结合保存成pdb格式啊 ，我用对接结果里面的write complex 想输出pdb结果  可是不行啊 只有pdbqt 结果  在pymol里面打开以后不行  ，如何才能把复合物结果输出pdb格式啊 ？
赞一下 回复此楼
8楼2014-12-18 09:45:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 幻亦真 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +5 相信必会光芒万� 2026-04-06 6/300 2026-04-06 11:07 by 相信必会光芒万�
[考研] 生物与医药086000调剂一志愿西北农林320分 +3 美美女士 2026-04-03 3/150 2026-04-05 21:55 by 学员8dgXkO
[硕博家园] 0856材料化工求调剂，一志愿211，初试成绩349 +3 江淮北月 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:31 by 啵啵啵0119
[考研] 考研调剂 +3 mcbbc 2026-04-04 3/150 2026-04-05 10:03 by barlinike
[考研] 专硕310求调剂 +5 捞捞我…. 2026-04-04 6/300 2026-04-04 23:33 by barlinike
[考研] 331求调剂 +3 niby 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:56 by 蓝云思雨
[考研] 291求调剂 +4 迷蒙木木 2026-04-01 5/250 2026-04-04 15:59 by sihailian3
[考研] 22408求调剂 354分 可跨专业 +3 hannnnnnn 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:35 by 土木硕士招生
[考研] 311求调剂 +20 zchqwer 2026-04-01 22/1100 2026-04-03 22:09 by lglzsd
[考研] 求调剂不挑专业 +3 xrh030412 2026-04-01 3/150 2026-04-03 14:40 by 氮气气气
[考研] 求调剂22408 288分 +5 new382 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:13 by 醉在风里
[考研] 学硕化学工程与技术，一志愿中国海洋大学320+求调剂 +8 披星河 2026-04-02 8/400 2026-04-02 14:12 by oooqiao
[考研] 一志愿北京科技大学材料学硕328分求调剂 +6 1段时间 2026-03-31 7/350 2026-04-02 13:57 by 3041
[考研] 377求调剂 +3 RASKIN 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:45 by zzchen2000
[考研] 土木304求调剂 +6 兔突突突， 2026-03-31 7/350 2026-04-02 09:06 by coolminer
[硕博家园] 考研调剂 +5 骆驼男人 2026-04-01 5/250 2026-04-01 14:28 by syjjj0321
[考研] 288资源与环境专硕求调剂，不限专业，有学上就行 +25 lllllos 2026-03-30 26/1300 2026-04-01 09:52 by 一只好果子?
[考研] 物理学调剂 +4 小羊36 2026-03-30 4/200 2026-03-31 16:16 by lishahe
[考研] 英一数一总分334求调剂 +4 陈阳坤 2026-03-31 4/200 2026-03-31 14:22 by 记事本2026
[考研] 一志愿大连理工大学，机械工程学硕，341 +3 西瓜田的守望者 2026-03-30 3/150 2026-03-31 11:08 by asdfzly
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭