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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 把autodock的对接结果保存为PDB之后，做分子动力学出现的问题，求高手...
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幻亦真

铜虫 (初入文坛)

[求助] 把autodock的对接结果保存为PDB之后，做分子动力学出现的问题，求高手... 已有2人参与

是这样的...我的autodock对接是将一个6肽片段对接到一个32肽上（两个肽都是一条链）。得到结果，并用DS或者ADT将结果转换成PDB格式后，发现6肽片段不能以多肽的形式表示出来（如下图，文本中打开）
HETATM  280  C   UNK     0      28.728  56.673  64.536  0.00  0.00           C  
HETATM  281  C   UNK     0      30.424  57.661  65.652  0.00  0.00           C  
HETATM  282  N   UNK     0      29.102  55.834  65.568  0.00  0.00           N  
HETATM  283  C   UNK     0      30.133  56.417  66.279  0.00  0.00           C  
正常的肽的格式应该是（如下，文本打开）
ATOM    254  O   GLY A  38      11.693  55.593  63.060  0.00  0.00           O  
ATOM    255  H   GLY A  38      12.331  57.419  64.317  0.00  0.00           H  
ATOM    256  N   VAL A  39      13.179  53.901  63.001  0.00  0.00           N  
ATOM    257  CA  VAL A  39      12.487  53.181  61.928  0.00  0.00           C

我的目的是想把对接的构象进一步做分子动力学，但charmm只能识别受体32肽，不能识别6肽。请教如何将6肽变成可识别的格式？或者如何实现结果构象做动力学？
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1楼 2014-07-17 15:57:35
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幻亦真

铜虫 (初入文坛)
我个人先顶一个，希望用autodock结果 做过动力学的大神不吝赐教啊！！
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2楼2014-07-17 15:59:33
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★
感谢参与，应助指数 +1
幻亦真: 金币+1, ★有帮助 2014-07-19 09:11:56
本帖内容被屏蔽
3楼2014-07-18 16:08:30
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幻亦真

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ferlich at 2014-07-18 16:08:30
把unk改成你对应的residue name

HETATM  280  C   UNK     0      28.728  56.673  64.536  0.00  0.00           C  

ATOM    254  O   GLY A  38      11.693  55.593  63.060  0.00  0.00           O

我修改过，DS软件确实可以识别6肽了。但是VMD还是不能识别，也就不能做动力学
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4楼2014-07-19 09:16:47
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
幻亦真(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-22 18:48:38
你的6肽结构是否像一个蛋白？换句话说，当你将residue name改完以后，用pymol,rasmol,vmd等软件看一下，很有可能是坐标位置不对，不像多肽结构
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-07-19 10:18:58
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幻亦真

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by polypro at 2014-07-19 10:18:58
你的6肽结构是否像一个蛋白？换句话说，当你将residue name改完以后，用pymol,rasmol,vmd等软件看一下，很有可能是坐标位置不对，不像多肽结构

是蛋白质。vmd打开analysis>sequence show里面只显示我的受体32肽，不显示6肽配体。 分子信息中显示有38个肽...
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6楼2014-07-19 21:49:59
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

把你38肽的坐标贴上来看看吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
7楼2014-07-20 17:07:19
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gengkj

金虫 (小有名气)
您好，我如何把autodock的结合保存成pdb格式啊 ，我用对接结果里面的write complex 想输出pdb结果  可是不行啊 只有pdbqt 结果  在pymol里面打开以后不行  ，如何才能把复合物结果输出pdb格式啊 ？
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8楼2014-12-18 09:45:28
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