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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助Autodock的配体里Eu原子类型不识别怎么办
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klatios

金虫 (小有名气)

[求助] 求助Autodock的配体里Eu原子类型不识别怎么办 已有2人参与

运行autogrid的时候会报错：unknown ligand atom type Eu
add parameters for it to the parameter library first!

原因是我的配体文件里有个Eu 这个离子估计和dock过程没什么关系
首先求助怎么让autodock识别这个玩意
如果限于当前版本问题autodock不能支持这个其实也没什么大碍 我只想了解一下 怎么才能把Eu改成一个虚原子之类的东西 能维持配体的结构就好
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1楼 2014-11-04 16:40:42
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Autodock是开源的软件，可以将EU的参数添加到文件中，就可以对接了
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2楼2014-11-04 17:56:32
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klatios

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2014-11-04 17:56:32
Autodock是开源的软件，可以将EU的参数添加到文件中，就可以对接了

请问参数应该去哪找 谢谢
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3楼2014-11-04 19:46:03
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
klatios: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-11-25 11:39:44
官网上面有所有金属原子或者其他原子的参数集合，可以下载
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4楼2014-11-04 22:27:09
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分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
EU 这个不是一个常用的原子，一般来说这个原子只是为了蛋白结晶添加的试剂里面含有的，基本与蛋白与配体的作用力无关，可以直接删除掉他，并不会影响对接结果。
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http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
5楼2014-11-05 00:07:28
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klatios

金虫 (小有名气)
求助啊 顶一记
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6楼2014-11-06 22:11:42
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klatios

金虫 (小有名气)
有没有人知道在AUTODOCK里怎么添加虚原子
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7楼2014-11-14 16:05:32
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whhvaliant

新虫 (初入文坛)
您好，我遇到了一样的问题。
运行autogrid的时候会报错：unknown ligand atom type Ni
add parameters for it to the parameter library first!
Ni原子是受体中心，请问您是怎么解决的？
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8楼2018-10-18 09:50:35
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