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klatios

金虫 (小有名气)

[求助] 求助Autodock的配体里Eu原子类型不识别怎么办 已有2人参与

运行autogrid的时候会报错:unknown ligand atom type Eu
add parameters for it to the parameter library first!

原因是我的配体文件里有个Eu 这个离子估计和dock过程没什么关系
首先求助怎么让autodock识别这个玩意
如果限于当前版本问题autodock不能支持这个其实也没什么大碍 我只想了解一下 怎么才能把Eu改成一个虚原子之类的东西 能维持配体的结构就好
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Autodock是开源的软件,可以将EU的参数添加到文件中,就可以对接了
2楼2014-11-04 17:56:32
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klatios

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2014-11-04 17:56:32
Autodock是开源的软件,可以将EU的参数添加到文件中,就可以对接了

请问参数应该去哪找 谢谢
3楼2014-11-04 19:46:03
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
klatios: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-11-25 11:39:44
官网上面有所有金属原子或者其他原子的参数集合,可以下载
4楼2014-11-04 22:27:09
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分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
EU 这个不是一个常用的原子,一般来说这个原子只是为了蛋白结晶添加的试剂里面含有的,基本与蛋白与配体的作用力无关,可以直接删除掉他,并不会影响对接结果。
http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
5楼2014-11-05 00:07:28
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klatios

金虫 (小有名气)

求助啊 顶一记
6楼2014-11-06 22:11:42
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klatios

金虫 (小有名气)

有没有人知道在AUTODOCK里怎么添加虚原子
7楼2014-11-14 16:05:32
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whhvaliant

新虫 (初入文坛)

您好,我遇到了一样的问题。
运行autogrid的时候会报错:unknown ligand atom type Ni
add parameters for it to the parameter library first!
Ni原子是受体中心,请问您是怎么解决的?
8楼2018-10-18 09:50:35
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