24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2327  |  回复: 7

klatios

金虫 (小有名气)

[求助] 求助Autodock的配体里Eu原子类型不识别怎么办 已有2人参与

运行autogrid的时候会报错:unknown ligand atom type Eu
add parameters for it to the parameter library first!

原因是我的配体文件里有个Eu 这个离子估计和dock过程没什么关系
首先求助怎么让autodock识别这个玩意
如果限于当前版本问题autodock不能支持这个其实也没什么大碍 我只想了解一下 怎么才能把Eu改成一个虚原子之类的东西 能维持配体的结构就好
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Autodock是开源的软件,可以将EU的参数添加到文件中,就可以对接了
2楼2014-11-04 17:56:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

klatios

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2014-11-04 17:56:32
Autodock是开源的软件,可以将EU的参数添加到文件中,就可以对接了

请问参数应该去哪找 谢谢
3楼2014-11-04 19:46:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
klatios: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-11-25 11:39:44
官网上面有所有金属原子或者其他原子的参数集合,可以下载
4楼2014-11-04 22:27:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
EU 这个不是一个常用的原子,一般来说这个原子只是为了蛋白结晶添加的试剂里面含有的,基本与蛋白与配体的作用力无关,可以直接删除掉他,并不会影响对接结果。
http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
5楼2014-11-05 00:07:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

klatios

金虫 (小有名气)

求助啊 顶一记
6楼2014-11-06 22:11:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

klatios

金虫 (小有名气)

有没有人知道在AUTODOCK里怎么添加虚原子
7楼2014-11-14 16:05:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whhvaliant

新虫 (初入文坛)

您好,我遇到了一样的问题。
运行autogrid的时候会报错:unknown ligand atom type Ni
add parameters for it to the parameter library first!
Ni原子是受体中心,请问您是怎么解决的?
8楼2018-10-18 09:50:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ZZH927 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 281求调剂 +6 椰子蘑菇 2026-04-06 6/300 2026-04-06 09:50 by barlinike
[考研] 求调剂 +5 chenxrlkx 2026-04-05 7/350 2026-04-06 07:54 by houyaoxu
[考研] 化学调剂求助 +7 LULONG1 2026-04-03 7/350 2026-04-06 06:41 by houyaoxu
[考研] 285求调剂 +7 AZMK 2026-04-04 9/450 2026-04-06 00:06 by 永字号
[考研] 08600生物与医药-327 +6 18755400796 2026-04-05 6/300 2026-04-05 22:03 by imissbao
[考研] 材料调剂 +6 一样YWY 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:30 by 南航~万老师
[考研] 调剂 +3 李广火 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:57 by 蓝云思雨
[考研] 0860 求调剂 一志愿国科大 348 分 +3 WiiiP 2026-04-03 3/150 2026-04-05 17:43 by Ecowxq666!
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-04 12/600 2026-04-05 08:24 by 544594351
[考研] 一志愿南农090401,268,求调剂 +5 一木鸟然 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:07 by babysonlkd
[考研] 291求调剂 +4 迷蒙木木 2026-04-01 5/250 2026-04-04 15:59 by sihailian3
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by AZMK
[考研] 一志愿a区211,085601-307分求调剂 +13 党嘉豪 2026-03-31 26/1300 2026-04-03 08:33 by 495374996
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕,求调剂,接受其他专业 +6 what张 2026-04-01 7/350 2026-04-02 16:48 by zzsw+
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +8 cs0106 2026-04-01 9/450 2026-04-02 10:36 by 不吃魚的貓
[考研] 377求调剂 +3 RASKIN 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:45 by zzchen2000
[考研] 考研调剂 +12 Amber00 2026-03-31 12/600 2026-04-02 09:04 by sanrepian
[考研] 353求调剂 +4 拉钩不许变 2026-04-01 4/200 2026-04-01 18:10 by 记事本2026
[考研] 材料专业调剂 +5 啦啦啦哭 2026-03-31 6/300 2026-04-01 16:48 by JourneyLucky
[考研] 254材料与化工求调剂 +3 翰冬林楠 2026-03-30 4/200 2026-03-31 17:53 by yishunmin
信息提示
请填处理意见