应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助Autodock的配体里Eu原子类型不识别怎么办
51/1返回列表
查看: 2152  |  回复: 7
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

klatios

金虫 (小有名气)

[求助] 求助Autodock的配体里Eu原子类型不识别怎么办已有2人参与

运行autogrid的时候会报错：unknown ligand atom type Eu
add parameters for it to the parameter library first!

原因是我的配体文件里有个Eu 这个离子估计和dock过程没什么关系
首先求助怎么让autodock识别这个玩意
如果限于当前版本问题autodock不能支持这个其实也没什么大碍 我只想了解一下 怎么才能把Eu改成一个虚原子之类的东西 能维持配体的结构就好
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2014-11-04 16:40:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
klatios: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-11-25 11:39:44
官网上面有所有金属原子或者其他原子的参数集合，可以下载
赞一下 回复此楼
4楼2014-11-04 22:27:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Autodock是开源的软件，可以将EU的参数添加到文件中，就可以对接了
赞一下 回复此楼
2楼2014-11-04 17:56:32
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

klatios

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2014-11-04 17:56:32
Autodock是开源的软件，可以将EU的参数添加到文件中，就可以对接了

请问参数应该去哪找 谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2014-11-04 19:46:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
EU 这个不是一个常用的原子，一般来说这个原子只是为了蛋白结晶添加的试剂里面含有的，基本与蛋白与配体的作用力无关，可以直接删除掉他，并不会影响对接结果。
赞一下 回复此楼
http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
5楼2014-11-05 00:07:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭