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汕头大学海洋科学接受调剂
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KEVIN_LOVE

木虫 (正式写手)

[求助] 英雄,HELP! 这个基因死活扩不出来啊 已有1人参与

英雄们,大虾们,本人实验室菜鸟一枚,刚开始接触实验,就遇到了莫大的困难!扩一个预测的基因就是死活扩不出来啊!这个基因在NCBI中是存在的,但是是predicted(预测)的。刚开始师兄设计的几对引物都没扩出来,扩了N次!好不容易“扩出来了”,但是却不是从CDS的第一个ATG开始扩增的,就是缺少了前几十个碱基,本来可能是物种的不同而导致基因序列产生的差异,为了验证是不是如此,本人就从CDS的第一个ATG开始设计上游引物,下游引物在大约600个碱基左右(碱基少,相对容易好扩,仅仅是验证刚才的猜想,所以没有扩增全长),竟然扩出来了!所以,我们可以确定CDS序列是NCBI中预测的那样,因为根据第一次扩增出来的基因(缺少前几十个碱基)测序结果分析得知,已扩出的基因和NCBI中序列对比,仅存在个别碱基突变,所以我们才敢推测,这个基因应该就是NCBI中预测的序列。但是接下来又根据全长CDS设计引物,引物设计没有太大问题,但是就是死活扩不出来!说的可能很笼统,但是请各位有相似经历、经验或者知道这是怎么回事的大神帮着分析一下啊!感激不尽
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木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
KEVIN_LOVE(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2014-04-26 17:46:12
KEVIN_LOVE: 金币+2, 有帮助 2014-04-26 20:47:02
我也遇到过这种问题,我的策略是设计好几对引物来PCR,你也可以把整个序列分割成很多小片段,然后PCR出来测序,把序列补齐,引物之间也可以搭配使用。还有就是不要完全相信引物设计软件,有些时候软件跑出来分数很高的引物不一定好用
长的挫不是你的错,出来吓人就是你的不对了
2楼2014-04-26 16:39:28
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