Znn3bq.jpeg
查看: 1794  |  回复: 10

lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 关于PCR扩不出的问题,求大神解答 已有5人参与

大家好:我现在PCR的时候遇到了一个问题,我根据小麦转录组测序的结果,想设计几对引物做荧光定量,扩增长度大约100bp左右。但是,我想先用基因组DNA,用普通的PCR仪摸一下条件,却怎么也扩不出目的带(只有模糊的引物带),用touchdown程序也不行。用cDNA直接荧光定量更是定不出来,可我设计引物的时候都尽量避开了引物二聚体或者错配,这是咋回事啊?求大神解答,着急啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-01-25 04:02:14
lwk5716: 金币+1, 有帮助 2014-01-28 15:51:32
你是根据cDNA序列设计的引物有可能在gDNA上不工作。你可以先用引物在你cDNA上做一下普通PCR,同时多设计几对引物,毕竟定量引物工作要求比较高。
hehe
5楼2014-01-24 19:46:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冰封之real

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lwk5716: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-01-28 15:54:23
既然是小麦基因组,那LZ就得考虑内含子的问题,要试也不能拿基因组试,而是用cDNA进行普通PCR,如果能得到所需条带,再上荧光定量PCR。如果得不到,那就是引物有问题(也有可能是cDNA有问题,不过这个可能性不大)
8楼2014-01-26 09:29:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

若溪

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-01-24 16:11:08
我觉得你可以先用通用引物进行PCR,以确认模板没有问题,如果模板没有问题那就可能是引物本身设计的有问题
没有比脚更长的路,没有比人更高的山
2楼2014-01-24 15:46:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

我的序列来自转录组测序,只是部分的mRNA序列,我是根据这个序列设计的。还有,怎么用通用引物PCR?
3楼2014-01-24 19:04:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 若溪 at 2014-01-24 15:46:37
我觉得你可以先用通用引物进行PCR,以确认模板没有问题,如果模板没有问题那就可能是引物本身设计的有问题

我的序列来自转录组测序,只是部分的mRNA序列,我是根据这个序列设计的。还有,怎么用通用引物PCR?
4楼2014-01-24 19:04:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yyshpy007

禁虫 (正式写手)

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-25 04:02:46
lwk5716: 金币+1, 有帮助 2014-01-28 15:51:46
本帖内容被屏蔽

6楼2014-01-24 22:41:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lwk5716: 金币+1, 有帮助 2014-01-28 15:52:43
实际上你是拿RNA为模板来设计引物,产物长度为100bp,你有看过你设计的引物在基因组序列上的位置吗,万一它们跨内含子而使PCR产物变得很长,而你扩增不出来是你延伸时间不够导致的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
7楼2014-01-25 04:06:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-24 19:46:39
你是根据cDNA序列设计的引物有可能在gDNA上不工作。你可以先用引物在你cDNA上做一下普通PCR,同时多设计几对引物,毕竟定量引物工作要求比较高。

嗯,谢谢你。
9楼2014-01-28 15:49:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by gyesang at 2014-01-25 04:06:59
实际上你是拿RNA为模板来设计引物,产物长度为100bp,你有看过你设计的引物在基因组序列上的位置吗,万一它们跨内含子而使PCR产物变得很长,而你扩增不出来是你延伸时间不够导致的
...

嗯,是的。不过,现在基因组数据不全,我延长一下时间试试吧,谢谢你。
10楼2014-01-28 15:54:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lwk5716 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿2110,化学学硕310分,本科重点双非求调剂 +13 努力奋斗112 2026-04-08 13/650 2026-04-09 00:27 by Evan_Liu
[考研] 353求调剂 +8 晴空万里air 2026-04-07 8/400 2026-04-09 00:18 by GouQ
[考研] 化工求调剂! +27 RichLi_ 2026-04-06 27/1350 2026-04-08 22:57 by jean5056
[考研] 0703化学求调剂 +16 不知名的小卅 2026-04-08 16/800 2026-04-08 21:53 by 旺旺豆包
[考研] 327求调剂 +12 Xxjc1107. 2026-04-06 12/600 2026-04-08 16:46 by luoyongfeng
[考研] 调剂 +3 电气300求调剂不 2026-04-08 6/300 2026-04-08 09:39 by 电气300求调剂不
[考研] 388求调剂 +6 四川王涛 2026-04-07 8/400 2026-04-08 00:17 by JourneyLucky
[考研] 288环境专硕,求调材料方向 +35 lllllos 2026-04-04 39/1950 2026-04-07 23:24 by 一只好果子?
[考研] 085602调剂 初试总分335 +10 19123253302 2026-04-05 10/500 2026-04-07 15:23 by 小乔同学ya
[考研] 269电子信息求调剂,可转专业 +5 独酌wl 2026-04-06 5/250 2026-04-06 17:23 by 土木硕士招生
[考研] 一志愿安徽某211 0703化学总分339求调剂 +7 晚风不晚 2026-04-04 7/350 2026-04-06 14:06 by houyaoxu
[考研] 308求调剂 +3 终不似从前 2026-04-05 3/150 2026-04-05 22:23 by hemengdong
[考研] 085600调剂 +9 东照照照 2026-04-04 9/450 2026-04-05 13:44 by ujn_zhuj
[考研] 26考研调剂0710 0860 +9 补补不补 2026-04-03 14/700 2026-04-04 23:32 by 果冻大王
[考研] 325求调剂 +4 春风不借意 2026-04-04 4/200 2026-04-04 14:46 by 湘农储能材料
[考研] 数二英二348求调剂 +4 hxdzj1 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:25 by zhq0425
[考研] 338求调剂 +4 zzz,,r 2026-04-03 4/200 2026-04-03 16:39 by lijunpoly
[硕博家园] 求老师收留 +9 lllq123 2026-04-03 9/450 2026-04-03 13:48 by 呼吸都是减肥
[考研] 338求调剂,一志愿能源动力,外语是日语203 +5 zzz,,r 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:45 by 蓝云思雨
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-04-02 4/200 2026-04-02 09:52 by yulian1987
信息提示
请填处理意见