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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 关于PCR扩不出的问题，求大神解答
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 关于PCR扩不出的问题，求大神解答 已有5人参与

大家好：我现在PCR的时候遇到了一个问题，我根据小麦转录组测序的结果，想设计几对引物做荧光定量，扩增长度大约100bp左右。但是，我想先用基因组DNA，用普通的PCR仪摸一下条件，却怎么也扩不出目的带（只有模糊的引物带），用touchdown程序也不行。用cDNA直接荧光定量更是定不出来，可我设计引物的时候都尽量避开了引物二聚体或者错配，这是咋回事啊？求大神解答，着急啊
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1楼 2014-01-24 13:04:57
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
lwk5716: 金币+1, ★有帮助 2014-01-28 15:52:43
实际上你是拿RNA为模板来设计引物，产物长度为100bp，你有看过你设计的引物在基因组序列上的位置吗，万一它们跨内含子而使PCR产物变得很长，而你扩增不出来是你延伸时间不够导致的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
7楼2014-01-25 04:06:59
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若溪

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-01-24 16:11:08
我觉得你可以先用通用引物进行PCR，以确认模板没有问题，如果模板没有问题那就可能是引物本身设计的有问题
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没有比脚更长的路，没有比人更高的山
2楼2014-01-24 15:46:37
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)
我的序列来自转录组测序，只是部分的mRNA序列，我是根据这个序列设计的。还有，怎么用通用引物PCR？
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3楼2014-01-24 19:04:10
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 若溪 at 2014-01-24 15:46:37
我觉得你可以先用通用引物进行PCR，以确认模板没有问题，如果模板没有问题那就可能是引物本身设计的有问题

我的序列来自转录组测序，只是部分的mRNA序列，我是根据这个序列设计的。还有，怎么用通用引物PCR？
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4楼2014-01-24 19:04:39
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