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杨玉焕123

木虫 (小有名气)

阳光

[求助] 载体去磷酸化后的回收问题 已有5人参与

本人用的是单酶切,自连现象很严重,需要去磷酸化,选用的是CIAP,按照说明50度反应30分钟后采用以下2种方法:
  1、PCR产物纯化试剂盒回收
  2、65度反应30分钟使酶失活,然后用等体积的酚/氯仿/异戊醇和氯仿/异戊醇抽提一次,之后加入1/20倍体积5M的氯化钠和2倍体积的无水乙醇(加乙醇的时候明显能看到絮状产生),-20℃沉淀1h,13000rpm离心2min后弃上清,然后用70%的乙醇洗涤一遍,吹干后加10微升无菌去离子水溶解
各 取2微升1、2所得溶液进行电泳检测,1能看到DNA条带,2没有,对二者分别进行载体的连接反应(实验组:载体、片段、T4连接酶、T4buffer,对照组:载体、T4连接酶、T4buffer)、转化实验,结果为方法1的实验组和对照组上克隆子数目都很多,挑取实验组进行质粒快抽发现都是载体自连产生的克隆。。。。方法2的实验组和对照组均没有克隆子生长。。。
  后来又做过几次方法2 ,发现方法2的去磷酸化效果挺好的,对照有10个左右克隆子,实验组片段与载体也连上了,但是由于每次去磷酸化之后载体回收后电泳都检测不到,浓度相当的低。。。,没法获得足够多的克隆子(我需要的是建立基因组文库,克隆子数目很大)。目前,正在尝试延长磷酸化反应时间,再用PCR产物纯化试剂盒回收,请问各位大侠对于方法2的DNA回收有没什么好的建议?我看到有的文献是加入1/10体积的3M醋酸钠,pH为5.2,这又是为什么呢?加盐的目的不就是为了中和电荷使DNA更容易沉淀么?跟所加盐溶液的pH没有太大的关系吧??求指教
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2014神虫浮云

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-02-19 20:07:59
gyesang: 回帖置顶 2014-02-19 20:08:09
1/10体积的3M醋酸钠,pH为5.2,这样才能沉淀出DNA,而且可以在冰箱-20度沉淀半个小时,离心后去上清,再用70%乙醇洗一次,再风干重融。效果会更好。试试吧,效果好的话可要多给金币吆。
ffgtfvtyju7hjhv
7楼2014-02-19 19:54:39
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DAX1

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
杨玉焕123(kx444555代发): 金币+5, 鼓励交流 2014-01-17 12:47:09
杨玉焕123: 金币+10, 有帮助 2014-01-17 14:47:14
一般乙醇沉淀的效率会非常高的,基本都在90%以上啊。和你们的区别就是我们用的是5.2的醋酸钠,然后我们离心是10分钟。要不你延长离心时间,都能看见絮状沉淀了。
你要是实在不行就换胶回收试剂盒啊。国产天跟阿之类的都特别好用。
ps你们用的啥ciap,竟然反应温度为50度啊
2楼2014-01-17 00:32:20
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杨玉焕123

木虫 (小有名气)

阳光

引用回帖:
2楼: Originally posted by DAX1 at 2014-01-16 04:32:20
一般乙醇沉淀的效率会非常高的,基本都在90%以上啊。和你们的区别就是我们用的是5.2的醋酸钠,然后我们离心是10分钟。要不你延长离心时间,都能看见絮状沉淀了。
你要是实在不行就换胶回收试剂盒啊。国产天跟阿之类 ...

现在新买的是Takara的,说明书上写的是37或者50℃,应该没问题啊,试剂盒也试过,因为载体含量就不高,而且为了保证克隆效率,不能紫外照射,电泳后还得先切出一半看载体DNA的位置,所以损失也很大,我先都试试吧,谢谢哈
3楼2014-01-17 10:54:17
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银杏酸酸

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-17 12:47:13
杨玉焕123: 金币+5, 有帮助 2014-01-17 14:46:52
你醇沉时间太短了,我之前也有做过,醇沉离心后在管壁上应该能看到很小很小的沉淀,然后用水溶它,跑出来的胶条带特别亮。
4楼2014-01-17 11:08:22
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