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[交流] 两条目的条带一起做克隆还是分开做克隆

目标:检测土壤中某类功能微生物群落
试验:所用引物出来的有两条带,一条600bp,一条1200bp,两条带都是我要个功能微生物,但是类群有差异。
问题:在做克隆文库时两条带是放在一起回收做克隆库还是分开做?我自己想的是放在一起回收,这样做出来可以表示这两条目的条带的微生物数量比例和群落结构,分开回收的话,只能做每个条带中微生物类群,不能代表整个土壤中微生物类群比例。但是放在一起克隆会不会两条带的连接转化效率不是按本身两条带的比例来转化呢?

请各位同仁帮忙解答,并欢迎讨论。
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