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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 找到一对细菌的通用引物，大家看下为什么会有简并碱基
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永远一片天

新虫 (正式写手)

[求助] 找到一对细菌的通用引物，大家看下为什么会有简并碱基

引物里面有简并碱基到底是好呢，还是不好，求解答GAGAGTTTGATCCTGGCTCAG 和GWATTACCGCGGCKGCTG位置是27到561左右，这样的引物据说是灵敏性高，可以检测出细菌，我做的实验目的不是测序，只要证明样本里面有细菌就行了，求高手解答，这样的引物可以吗？
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1楼 2013-12-03 17:57:31
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lm2570

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
永远一片天: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-12-03 19:00:36
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-03 20:22:33
7F:5’-AGAGTTTGATCCATGGCTCAG-3’；1541R:5’-AAGGAGGTGATCCAGCC-3’
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2楼2013-12-03 18:13:19
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永远一片天

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lm2570 at 2013-12-03 18:13:19
7F:5’-AGAGTTTGATCCATGGCTCAG-3’；1541R:5’-AAGGAGGTGATCCAGCC-3’

这样产物长度会不会太长，1500bp左右,一般的酶好像活性都不够的，我怕扩不出来。
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3楼2013-12-03 19:00:18
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lm2570

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 永远一片天 at 2013-12-03 19:00:18
这样产物长度会不会太长，1500bp左右,一般的酶好像活性都不够的，我怕扩不出来。...

没问题的，我做过很多次，前一个是27F ，刚才打掉了一个字
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永远一片天
4楼2013-12-03 19:20:38
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永远一片天

新虫 (正式写手)
送红花一朵
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4楼: Originally posted by lm2570 at 2013-12-03 19:20:38
没问题的，我做过很多次，前一个是27F ，刚才打掉了一个字...

啊，师姐好！那退火温度大概设置多少？这对引物可以扩增出大多数的细菌16SrRNA的吗
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5楼2013-12-03 19:33:25
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永远一片天

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lm2570 at 2013-12-03 19:20:38
没问题的，我做过很多次，前一个是27F ，刚才打掉了一个字...

还有，师姐做实验的目的也是为了扩增出细菌的16SrRNA吗？我仅仅为了证实有细菌的存在，这样这对引物也可以吧？
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6楼2013-12-03 19:42:16
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lm2570

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 永远一片天 at 2013-12-03 19:33:25
啊，师姐好！那退火温度大概设置多少？这对引物可以扩增出大多数的细菌16SrRNA的吗...

我是做细菌的鉴定，退火温度需要摸索，不同的细菌不一样的
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7楼2013-12-03 19:44:50
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永远一片天

新虫 (正式写手)
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7楼: Originally posted by lm2570 at 2013-12-03 19:44:50
我是做细菌的鉴定，退火温度需要摸索，不同的细菌不一样的...

那7F:5’-AGAGTTTGATCCATGGCTCAG-3’；1541R:5’-AAGGAGGTGATCCAGCC-3’这对引物，在一般条件下是不是不一定能扩增出细菌的16SrRNA?那也就不一定证明样本中有细菌了，是这样的吗？一定要回一下哦~谢谢啦
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8楼2013-12-03 20:06:41
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lm2570

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 永远一片天 at 2013-12-03 20:06:41
那7F:5’-AGAGTTTGATCCATGGCTCAG-3’；1541R:5’-AAGGAGGTGATCCAGCC-3’这对引物，在一般条件下是不是不一定能扩增出细菌的16SrRNA?那也就不一定证明样本中有细菌了，是这样的吗？一定要回一下哦~谢谢啦...

一般有细菌DNA模板,多数是可以扩增到，扩增到说明有细菌，没有扩增到，则有多种可能

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9楼2013-12-03 20:24:14
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lm2570

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 永远一片天 at 2013-12-03 20:06:41
那7F:5’-AGAGTTTGATCCATGGCTCAG-3’；1541R:5’-AAGGAGGTGATCCAGCC-3’这对引物，在一般条件下是不是不一定能扩增出细菌的16SrRNA?那也就不一定证明样本中有细菌了，是这样的吗？一定要回一下哦~谢谢啦...

如果只为了说明有菌，可做无菌检验

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10楼2013-12-03 20:27:26
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