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li123cl

木虫 (正式写手)


[求助] 求助: 已知引物的碱基序列,如何计算引物的长度?

各位大虾,本人由于初次尝试PCR实验,遇到了一点问题,不是很了解,恳求各位大侠不吝赐教。
已知引物的序列如下,如何计算它们的长度(bp表示)?
Gene        Primer (5’-3’)                                         Length (bp)
β-Actin        Forward: GAAGATCCTGACCGAGCGT            ?
                 Reverse: CCACAGGATTCCATACCCAA       
NR1        Forward: CGGAGTTTCTCTGCTCGTA
                 Reverse: TCATGGGACTTGAGTATGGA       
NR2A        Forward: GCTACGGGCAGACAGAGAAG
                Reverse: GTGGTTGTCATCTGGCTCAC       
NR2B        Forward: GCTACAACACCCACGAGAAGAG
                 Reverse: GAGAGGGTCCACGCTTTCC       
引物合成公司提供的信息上只有碱基数,退火温度,n mols等。没有bp表示的长度。还是用那些Primer5.0和oligo.60软件进行计算?
谢谢。
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li123cl

木虫 (正式写手)


西瓜: 回帖置顶 2012-04-04 22:17:11
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaohq1209 at 2012-04-04 18:00:07:
length简单得很啊,数一下有多少个碱基不就行了么

不是碱基数,是扩增产物的长度。呵呵  谢谢
6楼2012-04-04 22:00:24
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

孙启亮

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

楼主给BB呗,俺等着收BB呢
10楼2012-04-04 22:23:18
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普通回帖

zhaohq1209

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
length简单得很啊,数一下有多少个碱基不就行了么
我有一个梦想,我梦想有一天,我们的人民可以根据自己的意愿与消费能力,居住在自己愿意居住的地方。
2楼2012-04-04 18:00:07
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孙启亮

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+1, Good! 2012-04-04 22:17:03
li123cl: 金币+5 2012-04-04 22:27:53
将引物序列提交到NCBI进行primer blast,这样不仅能获得你的扩增产物长度,而且能够检测你的引物特异性。网址为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool ... ?LINK_LOC=BlastHome
3楼2012-04-04 19:09:53
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XOooZzz

银虫 (小有名气)

什么长度?引物的长度还是扩增产物的长度?引物长度就是碱基数啊亲
4楼2012-04-04 21:34:21
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yjb3344

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
确定上下游引物的位置
比如上游起始位置 10位
下游为500
则扩增产物的长度为 下游-上游+下游碱基数
不论在世界的任何角落·都要感到幸福
5楼2012-04-04 21:47:16
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li123cl

木虫 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by 孙启亮 at 2012-04-04 19:09:53:
将引物序列提交到NCBI进行primer blast,这样不仅能获得你的扩增产物长度,而且能够检测你的引物特异性。网址为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome

十分感谢
7楼2012-04-04 22:00:42
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li123cl

木虫 (正式写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by XOooZzz at 2012-04-04 21:34:21:
什么长度?引物的长度还是扩增产物的长度?引物长度就是碱基数啊亲

是扩增产物的长度,呵呵 谢谢
8楼2012-04-04 22:01:46
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li123cl

木虫 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by yjb3344 at 2012-04-04 21:47:16:
确定上下游引物的位置
比如上游起始位置 10位
下游为500
则扩增产物的长度为 下游-上游+下游碱基数

谢谢
9楼2012-04-04 22:02:38
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