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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助： 已知引物的碱基序列，如何计算引物的长度？
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li123cl

木虫 (正式写手)

[求助] 求助： 已知引物的碱基序列，如何计算引物的长度？

各位大虾，本人由于初次尝试PCR实验，遇到了一点问题，不是很了解，恳求各位大侠不吝赐教。
已知引物的序列如下，如何计算它们的长度（bp表示）？
Gene        Primer (5’-3’)                                         Length (bp)
β-Actin        Forward: GAAGATCCTGACCGAGCGT            ？
                 Reverse: CCACAGGATTCCATACCCAA       
NR1        Forward: CGGAGTTTCTCTGCTCGTA
                 Reverse: TCATGGGACTTGAGTATGGA       
NR2A        Forward: GCTACGGGCAGACAGAGAAG
                Reverse: GTGGTTGTCATCTGGCTCAC       
NR2B        Forward: GCTACAACACCCACGAGAAGAG
                 Reverse: GAGAGGGTCCACGCTTTCC       
引物合成公司提供的信息上只有碱基数，退火温度，n mols等。没有bp表示的长度。还是用那些Primer5.0和oligo.60软件进行计算？
谢谢。
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1楼 2012-04-04 17:47:19
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孙启亮

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+1, Good! 2012-04-04 22:17:03
li123cl: 金币+5 2012-04-04 22:27:53
将引物序列提交到NCBI进行primer blast，这样不仅能获得你的扩增产物长度，而且能够检测你的引物特异性。网址为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool ... ?LINK_LOC=BlastHome
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3楼2012-04-04 19:09:53
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zhaohq1209

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
length简单得很啊，数一下有多少个碱基不就行了么
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我有一个梦想，我梦想有一天，我们的人民可以根据自己的意愿与消费能力，居住在自己愿意居住的地方。
2楼2012-04-04 18:00:07
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XOooZzz

银虫 (小有名气)
什么长度？引物的长度还是扩增产物的长度？引物长度就是碱基数啊亲
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4楼2012-04-04 21:34:21
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yjb3344

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
确定上下游引物的位置
比如上游起始位置 10位
下游为500
则扩增产物的长度为 下游-上游+下游碱基数
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不论在世界的任何角落·都要感到幸福
5楼2012-04-04 21:47:16
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