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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 蛋白跑出水盒子外边了
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qingtian510

银虫 (初入文坛)

[交流] 蛋白跑出水盒子外边了

有人跑Gromacs，蛋白或其他东西，跑出盒子外的情况吗，这是怎么回事呢
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1楼2013-11-21 09:54:35
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iovvoi

金虫 (小有名气)
★ ★
qingtian510(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-21 15:21:46
周期性边界条件的话，跑出去也没关系 。
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3楼2013-11-21 13:45:53
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★ ★
qingtian510(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-21 15:21:41
一般都会设置周期性边界条件
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2楼2013-11-21 12:45:22
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
★ ★
qingtian510(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-21 15:21:53
没事  反正都是周期性的。你可以把时间调低点，这样就出不去了
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4楼2013-11-21 13:51:46
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qingtian510

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2013-11-21 12:45:22
一般都会设置周期性边界条件

恩，设置周期边界条件了
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6楼2013-11-21 18:59:35
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