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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 测序结果的问题
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onizukacus

金虫 (初入文坛)

[求助] 测序结果的问题

我做了一批PCR的样品进行测序，用的引物是ITS1Pl        （TCCGTAGGTGAACCTGCGGA）ITS1P2（GCTGCGTTCTTCATCGATGC），ITS2P1（GCATCGATGAAGAACGCAGC），ITS2P2（TCCTCCGCTTATTGATATGC），等测序结果出来后，测序方返回给我的是拼接结果，可我怎么都不能在结果中找到我的引物序列，然后我电话咨询后说的是拼接结果无引物序列，求助各位高手啊，那我怎么在一段拼接序列中分辨出哪一段是ITS1Pl和ITS1P2，哪一段是ITS2P1和ITS2P2还有5末端的基因序列啊



求助啊啊啊


这是我的一个拼接结果
TGGTAAGTAAAAATCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGAGACCGAAAATATCGAGCGAT
TCGGAGAACCCGTGAATAAGTGGCGGCGGTTGCTGCCGCAGAACAGCCATCCCAGTCGCCGCCTCGTCTCCTTCAGGGGG
GGCGGGGGCACGATGAAGGATGGATGAAAACTCAAACCGGCGCAGCTCCGCGCCAAGGGTATGTAGAGACGCGAGCCCTG
CAACGGGTTCAGTGGCGTGGAGTGCTGTCGCACACCATGTGGATTATAACACGACTCTCGGCAATGGATATCTCGGCTCT
CGCATCGATGAAGAGCGCAGCGAAATGCGATACGTGGTGCGAATTGCAGAATCCCGCGAACCATCGAGTCTTTGAACGCA
AGTTGCGCCCGAGGCCAACCGGCCAAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCAAGCGTTGCGTCGCTCCGTGCCGACTCCGTCCC
ACAAACGCGTGCGCCGGCGTCGGCTCGGACGTGAAGAGTGGCTCGTCGTGCCCATCGGTGCGGCGGGCTCAAGAGCGGGT
TATCGTCTCGTCGGCCGGCAACAACAAGGGGTGGATGAAAGCTGTGAGCAGAAAGCCTGCGTTGTTTCTTGCTCGGCCCG
AGGAAAGATTACATATTTCAAGGTGATCCCAGCCCATGCGCCGATCCACAGGCGGCGGCTTGGAATGCGACCCCAGGATG
GGCGAGGCCACCCGCCGAGTTTAAGCATATCAATA
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1楼 2013-11-05 09:25:58
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onizukacus

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gyesang at 2013-11-06 10:23:45
对测序缺乏基本了解，一般测序时，引物及引物后面的50个碱基都是不准的，你用PCR时的引物测序，在测序结果中当然是找不到引物序列的

2楼正解！

请问下，我这测序结果不是应该有3段吗，1Pl段，1P2段，5末端段，请问下这怎么区分，我查了文献后都没找到
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8楼2013-11-07 08:49:11
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yang0071

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待你更多精彩 。 2013-11-05 11:33:44
你先把pcr产物连接到载体上
要求公司整个样品测通
让公司把原始序列和拼接序列发给你再比对
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2楼2013-11-05 11:29:32
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沙门小rna

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接把你pcr的序列和测序回来的结果放到blast 里面。两两比对。3秒钟解决测序比对~
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应助之星就是我~没错。你没有看错~
3楼2013-11-05 12:29:07
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onizukacus

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 沙门小rna at 2013-11-05 12:29:07
直接把你pcr的序列和测序回来的结果放到blast 里面。两两比对。3秒钟解决测序比对~

你好，我不加进去ID是99%，我加进去了还是99%。。这什么情况啊请问。还有事随便插入吗
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4楼2013-11-06 08:36:35
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