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君扬1989

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 已经得到目的基因的全长,现在要PCR将目的基因全长P出来,如何设计引物?谢谢

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myprayer

专家顾问 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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gyesang: 金币+5, 鼓励交流!my版热心 2013-10-31 13:05:13
君扬1989: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-11-01 18:45:05
标准的PCR操作程序是将各种所需反应成分分别加入PCR反应管中,然后根据具体的实验要求,设置一定的循环参数,进行循环扩增。具体如下:

(1) 向PCR反应管中依次加入

DNA模板 50~300ng (约为102~105拷贝DNA)

引物(3'→5',5'→3')各 2μl 10μmol/L (终浓度为0.4μmol/L)

dNTP 2μl 5mmol/L (终浓度为0.2μmol/L)

10×PCR缓冲液 5μl 1/10体积 (终浓度为1×)

MgCl2 3μl 25mmol/L (终浓度为1.5mmol/L)
注意的地方:
1. 引物的质量是保证PCR特异性的关键,引物过长或过短均会使特异性降低,以18~30bp为宜;引物中C+G含量宜在50%左右;引物内部和引物之间不应含有互补序列;引物的碱基顺序与非扩增区域的同源性应小于70%;引物的3’末端与模板DNA一定要配对,但末端没有严格的限制,故引物设计时可在5’末端加上限制性内切酶位点和/或启动密码ATG等;引物合成后必须纯化以去除合成产物中的不完整序列、脱嘌呤产物、碱基修饰链等“杂质”;引物的终浓度一般为0.2~0.5μmol/L,过低会影响反应产量,过高会增加引物二聚或错配的几率。
2楼2013-10-31 12:22:58
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qfzhang

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-10-31 13:27:22
君扬1989: 金币+2 2013-11-01 18:48:07
有很多引物设计软件的。简单易用,只要掌握引物设计的基本原则,然后再用相关软件来设计,很容易的。
3楼2013-10-31 13:17:40
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君扬1989

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by qfzhang at 2013-10-31 13:17:40
有很多引物设计软件的。简单易用,只要掌握引物设计的基本原则,然后再用相关软件来设计,很容易的。

现在我的引物酶切位点含有Nde I,我要用什么没代替呢?
4楼2013-11-01 18:47:22
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君扬1989

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by myprayer at 2013-10-31 12:22:58
标准的PCR操作程序是将各种所需反应成分分别加入PCR反应管中,然后根据具体的实验要求,设置一定的循环参数,进行循环扩增。具体如下:

(1) 向PCR反应管中依次加入

DNA模板 50~300ng (约为102~105拷贝DNA ...

现在我的引物酶切位点含有Nde I,我要用什么没代替呢?
5楼2013-11-01 18:47:51
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wilzu

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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6楼2013-11-02 00:38:49
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wilzu

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-02 02:06:27
君扬1989: 金币+2 2013-11-02 08:31:17
引用回帖:
5楼: Originally posted by 君扬1989 at 2013-11-01 18:47:51
现在我的引物酶切位点含有Nde I,我要用什么没代替呢?...

那要看你准备把基因克隆到哪个载体 尽量选择载体上是单一的酶而在基因内部是没有的酶 建议在引物设计时上下游引物设计不同的酶切位点 因为如果是单一酶切克隆的话 你要考虑方向性的问题(除非基因方向没有关系)

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2013-11-02 00:48:56
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君扬1989

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by wilzu at 2013-11-02 00:48:56
那要看你准备把基因克隆到哪个载体 尽量选择载体上是单一的酶而在基因内部是没有的酶 建议在引物设计时上下游引物设计不同的酶切位点 因为如果是单一酶切克隆的话 你要考虑方向性的问题(除非基因方向没有关系)
...

pet30a载体,本来想设计ned I 酶切位点,但目的条带本身就含有这个酶切位点,我不知道要用哪个酶切位点来代替它比较合适?
8楼2013-11-02 08:34:38
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wilzu

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


君扬1989: 金币+1 2013-11-02 10:28:43
引用回帖:
8楼: Originally posted by 君扬1989 at 2013-11-02 08:34:38
pet30a载体,本来想设计ned I 酶切位点,但目的条带本身就含有这个酶切位点,我不知道要用哪个酶切位点来代替它比较合适?...

你可以选择多克隆位点去的任意其他酶。这样的话,表达的蛋白N端或带上histag和stag。这两个tag不大,也方便你后期蛋白的纯化。
比如5'端选择NcoI, 因为它的酶切位点是ccatgg,为了保证不移码,你设计的引物的时候可以为ccatgggc+你的蛋白基因。
或者选择其他酶,因为表达时候是从ndeI的atg开始翻译的,切记要注意移码的问题。
9楼2013-11-02 09:11:35
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君扬1989

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by wilzu at 2013-11-02 09:11:35
你可以选择多克隆位点去的任意其他酶。这样的话,表达的蛋白N端或带上histag和stag。这两个tag不大,也方便你后期蛋白的纯化。
比如5'端选择NcoI, 因为它的酶切位点是ccatgg,为了保证不移码,你设计的引物的时候可 ...

非常感谢!
10楼2013-11-04 10:13:09
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