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mmcniu

新虫 (小有名气)

[求助] 含有稀有密码子的基因想在大肠杆菌中做原核表达,Rosetta菌株

RaCC results:

Red = rare Arg codons AGG, AGA, CGA
Green = rare Leu codon CTA
Blue = rare Ile codon ATA
Orange = rare Pro codon CCC

其中含有一个CGA,Rosetta也不能解决这个问题(其他的都ok),该怎么办呢?我要放弃原核表达吗?

第一次做这方面实验,请有经验的多多帮助,谢谢!!!
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bleach060452

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-10-28 12:18:38
mmcniu: 金币+1, 3x 2013-10-30 21:17:21
mmcniu: 金币+1, ★★★很有帮助, 3x 2013-10-30 21:17:56
你这个稀有密码子,也不一定完全不能表达但产量肯定很少。可以考虑同义突变,或者干脆换真核表达
岂能尽如人意,但求无愧我心
5楼2013-10-28 11:53:08
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普通回帖

mmcniu(金币+1): 谢谢参与
2楼2013-10-27 23:22:11
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mmcniu(金币+1): 谢谢参与
3楼2013-10-27 23:27:24
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mmcniu(金币+1): 谢谢参与
4楼2013-10-27 23:35:12
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phoenix211

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2013-10-29 01:13:20
mmcniu: 金币+2, ★★★很有帮助, 3x 2013-10-30 21:18:12
如果不想换系统的话  楼主试试突变给替换掉吧
6楼2013-10-28 15:13:24
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mmcniu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by bleach060452 at 2013-10-28 11:53:08
你这个稀有密码子,也不一定完全不能表达但产量肯定很少。可以考虑同义突变,或者干脆换真核表达

谢谢!您提到的同义突变,是指设计这个位置相应的引物,用PCR把片段扩出来吗?
7楼2013-10-28 22:51:12
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wilzu

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
mmcniu: 金币+1, ★★★很有帮助, 3x 2013-10-30 21:18:25
为什么不考虑双宿主的codon optimization,然后再做基因合成?

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2013-10-28 23:21:50
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bleach060452

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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mmcniu: 金币+2, ★★★★★最佳答案, 3x 2013-10-30 21:18:43
引用回帖:
7楼: Originally posted by mmcniu at 2013-10-28 22:51:12
谢谢!您提到的同义突变,是指设计这个位置相应的引物,用PCR把片段扩出来吗?...

CGA——>精氨酸(Arg/R),同义密码子有CGU,CGG,CGC,AGA,AGG,其中CGU,CGC不是稀有密码子。

所以可以设计引物,把CGA突变成CGU/CGC。

如果这CGA靠近两端,就比较省事了;如果在基因中间,就得设计两对引物按照重叠PCR的思路做了,换句话说就是比较麻烦。。。
岂能尽如人意,但求无愧我心
9楼2013-10-29 16:08:17
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mmcniu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by wilzu at 2013-10-28 23:21:50
为什么不考虑双宿主的codon optimization,然后再做基因合成?

O(∩_∩)O谢谢,不差钱的话,这是个好办法。。。
10楼2013-10-29 22:52:55
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