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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 稀有密码子占多大比例，会影响重组基因的表达？
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xiaohong1213

银虫 (初入文坛)

[求助] 稀有密码子占多大比例，会影响重组基因的表达？

请大家帮忙啊，真核的一个基因在大肠杆菌中表达，诱导条件已经摸索了将近一个月了，温度，浓度，时间都尝试过了，就是不表达，是不是因为稀有密码子的原因而影响表达，经过一个软件的分析，在引物中有一个精氨酸的稀有密码子，其余位置也有一些稀有密码子，那到底稀有密码子存在多少，会影响到基因的表达？谢谢！
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1楼 2012-11-29 10:57:41
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, 鼓励发帖交流问题。 2012-11-29 21:05:25
amisking: 回帖置顶 2012-11-29 21:05:29
1、用rosetta菌株，专门用于表达稀有密码子的，全式金有感受态卖；
2、换原核表达试试，毕赤酵母操作也挺方便；
3、全基因合成，按照大肠杆菌的密码子偏好性将序列进行优化，送公司合成。
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Thank-you，so-blue.
5楼2012-11-29 16:33:56
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普通回帖

sunlk

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
必须优化表达，否则根本表达不出来
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很给力
2楼2012-11-29 11:04:47
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xiaohong1213

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sunlk at 2012-11-29 11:04:47
必须优化表达，否则根本表达不出来

请问具体应该怎样做优化呢？除了温度，浓度，时间这些因素外，还可以怎样优化呢？可以具体说说吗？谢谢！
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3楼2012-11-29 12:18:48
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sunlk

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

嗯 密码子优化吧 ，送公司 直接合成全基因，现在全基因合成也很便宜
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很给力
4楼2012-11-29 13:46:03
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xiaohong1213

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by susizheng at 2012-11-29 16:33:56
1、用rosetta菌株，专门用于表达稀有密码子的，全式金有感受态卖；
2、换原核表达试试，毕赤酵母操作也挺方便；
3、全基因合成，按照大肠杆菌的密码子偏好性将序列进行优化，送公司合成。

嗯，谢谢你的建议。我会考虑的。
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6楼2012-11-29 16:41:17
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jiangyhai

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有些蛋白大肠杆菌是不表达的或者即使表达也没活性。建议考虑用酵母或哺乳动物表达系统。
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静心做事。
7楼2012-11-29 18:27:35
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gaojuan1985

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

通常我们做的时候，即使用软件分析有一些（10个左右的稀有密码子），也可以用E. coli BL21DE3正常表达，没有问题。如果你怀疑是稀有密码子的问题，那么可以如楼上所说，采用Rosetta试一下。
    但是影响表达的条件很多，不仅仅是稀有密码子的问题。我认为，即使是稀有密码子影响了表达，大部分情况下也只是表达量很低，所以你就要先判断到底是表达很低还是真的完全不表达，不知道你有没有用western或者其它方法进行检测过？
    如果是表达量低，当然可以优化表达条件。但是如果是完全不表达，就首先要从源头上，你的基因上面去找原因。载体构建的是否合理？基因本身是否容易形成高级结构等？这些都有可能影响表达。
    其次，不知道你要表达的是什么蛋白。我们遇到过蛋白有毒性，因此按正常的方式去表达根本不行。
    还有就是截断表达，有的在表达的过程中提前终止了。
    暂时想到这么多了。
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8楼2013-03-01 08:49:07
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