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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 含有稀有密码子的基因想在大肠杆菌中做原核表达，Rosetta菌株
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mmcniu

新虫 (小有名气)

[求助] 含有稀有密码子的基因想在大肠杆菌中做原核表达，Rosetta菌株

RaCC results:

Red = rare Arg codons AGG, AGA, CGA
Green = rare Leu codon CTA
Blue = rare Ile codon ATA
Orange = rare Pro codon CCC

其中含有一个CGA，Rosetta也不能解决这个问题（其他的都ok），该怎么办呢？我要放弃原核表达吗？

第一次做这方面实验，请有经验的多多帮助，谢谢！！！
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1楼 2013-10-27 23:04:33
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

bleach060452

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待你更多精彩 2013-10-28 12:18:38
mmcniu: 金币+1, 3x 2013-10-30 21:17:21
mmcniu: 金币+1, ★★★很有帮助, 3x 2013-10-30 21:17:56
你这个稀有密码子，也不一定完全不能表达但产量肯定很少。可以考虑同义突变，或者干脆换真核表达
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岂能尽如人意，但求无愧我心
5楼2013-10-28 11:53:08
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普通回帖

yingying1588
★
mmcniu(金币+1): 谢谢参与
2楼2013-10-27 23:22:11
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readytogo
★
mmcniu(金币+1): 谢谢参与
3楼2013-10-27 23:27:24
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流水有情
★
mmcniu(金币+1): 谢谢参与
4楼2013-10-27 23:35:12
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phoenix211

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-10-29 01:13:20
mmcniu: 金币+2, ★★★很有帮助, 3x 2013-10-30 21:18:12
如果不想换系统的话  楼主试试突变给替换掉吧
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6楼2013-10-28 15:13:24
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mmcniu

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by bleach060452 at 2013-10-28 11:53:08
你这个稀有密码子，也不一定完全不能表达但产量肯定很少。可以考虑同义突变，或者干脆换真核表达

谢谢！您提到的同义突变，是指设计这个位置相应的引物，用PCR把片段扩出来吗？
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7楼2013-10-28 22:51:12
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wilzu

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
mmcniu: 金币+1, ★★★很有帮助, 3x 2013-10-30 21:18:25
为什么不考虑双宿主的codon optimization，然后再做基因合成？

[ 发自小木虫客户端 ]
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8楼2013-10-28 23:21:50
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bleach060452

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流！ 2013-10-29 16:35:28
mmcniu: 金币+2, ★★★★★最佳答案, 3x 2013-10-30 21:18:43
引用回帖:
7楼: Originally posted by mmcniu at 2013-10-28 22:51:12
谢谢！您提到的同义突变，是指设计这个位置相应的引物，用PCR把片段扩出来吗？...

CGA——>精氨酸（Arg/R），同义密码子有CGU,CGG,CGC,AGA,AGG，其中CGU,CGC不是稀有密码子。

所以可以设计引物，把CGA突变成CGU/CGC。

如果这CGA靠近两端，就比较省事了；如果在基因中间，就得设计两对引物按照重叠PCR的思路做了，换句话说就是比较麻烦。。。
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岂能尽如人意，但求无愧我心
9楼2013-10-29 16:08:17
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mmcniu

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wilzu at 2013-10-28 23:21:50
为什么不考虑双宿主的codon optimization，然后再做基因合成？

O(∩_∩)O谢谢，不差钱的话，这是个好办法。。。
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10楼2013-10-29 22:52:55
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