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山水88

木虫 (正式写手)

[求助] PCR片段量少求教

由于要做重组,所以引物设计比较长,50bp同源序列加上20bp PCR引物,但是PCR片段量一直特别少,试了不同的恒定温度或者每循环降0.5度的方法,体系中也加了DMSO,结果都不理想,如图是8个不同的恒定温度结果,中上部亮度渐弱为目的片段,下面就是引物二聚体了,目前体系是2XTaq酶 10ul,质粒2ul,引物1ulX2,DMSO 1ul,ddH2O 5ul.求教各位大侠还有什么可以改进的地方呢?还望不吝赐教,鄙人感激不尽!!!!
PCR片段量少求教
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励应助! 2013-10-12 01:32:57
山水88: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-10-12 17:40:05
模板用量太大,PCR产物里都隐约看到质粒的带了。质粒模板用pg级别就可以了,把模板稀释100-1000倍使用。
2楼2013-10-11 23:58:31
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山水88

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-10-11 23:58:31
模板用量太大,PCR产物里都隐约看到质粒的带了。质粒模板用pg级别就可以了,把模板稀释100-1000倍使用。

我一直都是这个体系的,以前结果都非常好呀,不过还是听你的建议做个验证,还有什么其它需要注意的么
3楼2013-10-12 10:01:10
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liyongliangx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
山水88: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-10-12 17:39:48
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-10-14 14:26:51
山水88: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-10-28 22:18:54
首先第一点:你用的是20ul体系,我记得TAQ 酶的说明书上建议的50ul体系是 25ul mix ,1ul引物(20uM),模板(0.1ng-10ng)/ul 加入1ul 。所以从你可以按着标准体系再重新配制一下。
第二,你的引物是长引物,在PCR的最初的循环中 ,只有与模板互补的那20bp 需要进行退火。所以如果你的退火温度是按着整个引物去设计,那是不合理的。
第三,不同的酶扩增的效率也不一样。

我给你的建议是 1.重新调整体系。2. PCR先进行6个低温的循环,温度按照那20碱基去计算。3. 可以换其他的酶 ,比如KOD系列的
4楼2013-10-12 16:13:47
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山水88

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by liyongliangx at 2013-10-12 16:13:47
首先第一点:你用的是20ul体系,我记得TAQ 酶的说明书上建议的50ul体系是 25ul mix ,1ul引物(20uM),模板(0.1ng-10ng)/ul 加入1ul 。所以从你可以按着标准体系再重新配制一下。
第二,你的引物是长引物,在PCR的 ...

非常感谢,我会尝试的,先谢谢了
5楼2013-10-12 17:08:42
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山水88

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by liyongliangx at 2013-10-12 16:13:47
首先第一点:你用的是20ul体系,我记得TAQ 酶的说明书上建议的50ul体系是 25ul mix ,1ul引物(20uM),模板(0.1ng-10ng)/ul 加入1ul 。所以从你可以按着标准体系再重新配制一下。
第二,你的引物是长引物,在PCR的 ...

这两天又遇到情况了,2ul验证还能看到条带,跑回收胶就看不见清晰条带了,胶是一块制的,应该不是胶的问题,这是怎么回事呢???
6楼2013-10-14 13:57:44
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liyongliangx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

胶回收的上样孔会比较大,所以如果你本身的浓度不多,跑大孔条会变弱是属于正常现象。
是不是胶的问题,你看下你的MARKER,如果MARKER 没有问题那就不是胶的问题,如果MARKER都看不清,那你就只能重新配胶了。
如果你上面两个情况都不属于,那就只能说明你的PCR 是失败的
7楼2013-10-14 17:55:48
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山水88

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by liyongliangx at 2013-10-14 17:55:48
胶回收的上样孔会比较大,所以如果你本身的浓度不多,跑大孔条会变弱是属于正常现象。
是不是胶的问题,你看下你的MARKER,如果MARKER 没有问题那就不是胶的问题,如果MARKER都看不清,那你就只能重新配胶了。
如 ...

硬着头皮回收了,结果还真有,又学习了。分子真是看不见摸不着,只能慢慢做了
8楼2013-10-14 19:00:34
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