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达菲鸭

新虫 (初入文坛)

[求助] 提取的RNA样本,经过DNA酶处理,但总是处理不干净

我们用qiagen的试剂盒提取了弧菌的RNA,然后用fermentas的cDNA试剂盒里面的DNA酶和buffer来去除gDNA。但是处理后的RNA经PCR检测竟然还是P出了目的产物,这会影响后面的qPCR。

我们以前做过几次,没有遇到这个问题啊,以前都是P不出来的。

可能是RNA的样品中的杂质影响了dna酶的工作么?因为我们后来换了一家的国产的试剂盒同样没有处理干净。这一次提的RNA,有几管的260/280,260/230都在2.1在2.1左右,应该还比较纯吧,但也还是除不干净DNA。

有没有谁知道是什么原因吗?求赐教,十分感谢!
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yilunanxia

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
达菲鸭(myprayer代发): 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你的更多精彩。 2013-07-22 20:10:37
PCR出了目标条带就是说你的RNA里有DNA了,加大DNase吧
3楼2013-07-21 16:07:37
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-07-21 23:10:07
可能是样品太多,酶加少了。DNase消化要根据样品的量来做,可以参考酶的说明书。
2楼2013-07-21 14:23:56
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达菲鸭

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-07-21 14:23:56
可能是样品太多,酶加少了。DNase消化要根据样品的量来做,可以参考酶的说明书。

啊,fermentas的试剂盒说的是1μg的RNA不要使用超过1个单位的DNA酶,然后我就是按这个量加的。难道应该把酶的量再加大一些吗?
4楼2013-07-21 18:15:16
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
达菲鸭: 金币+5 2013-07-22 18:00:05
引用回帖:
4楼: Originally posted by 达菲鸭 at 2013-07-21 18:15:16
啊,fermentas的试剂盒说的是1μg的RNA不要使用超过1个单位的DNA酶,然后我就是按这个量加的。难道应该把酶的量再加大一些吗?...

的确一般是这么加的,可能你的样品的DNA含量比较多,试试增加一点。
5楼2013-07-21 21:15:10
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