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echochen1017

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR重复不出来

之前在3月份PCR除了结果,并测序,现在重复,已经重复5天,没有任何条带,调高、调低模板浓度,并且在冰上加样,也没有目的条带,低浓度样品在500bp左右出现非特异性条带,请教这是什么情况呢?
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凌波丽

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感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-09 22:04:32
你的PCR出现非特异性扩增带和可重复性低本质就是你的PCR的专一性不够。
PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。非特异性条带的出现,其原因:一是引物与靶序列不完全互补、 或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低,及PCR循环次数过多有关。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶 则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。
其对策有:首先可以调整镁离子的浓度, 由5.0mmol/L起以0.05mmol/L为单位逐渐下降至1.0mmol/L,降低镁离子的浓度无效的话,也可以提高镁离子浓度,最高不超过10.0mmol/L.调整引物浓度(你的非特异性扩增多,因此应适当降低引物浓度),适当增加模板量,减少循环次数。减低酶量或调换另一来源的酶。适当提高退火温度。
使用热启动的PCR.可用石蜡隔离方式:先放引物、模板、缓冲溶液(以上称为A液)入PCR管,然后加入固体石蜡,75度水浴PCR管5分钟,目视石蜡完全融化后拿PCR管出水浴锅室温下竖直放置约15分钟,待石蜡重新凝固为固体层后,在石蜡层上加入聚合酶、dNTP、MgCl2、缓冲溶液(以上称为B液),也就是使固体石蜡层隔离A液与B液在PCR管的上下两层。反应开始后,石蜡再度熔化,反应体系形成。每种调整均可以分梯度进行。
一般商用的酶制剂里都还有甘油,酶的用量较大时最好是事先超滤或者透析去除一些甘油。
加入0.01%的BSA,白明胶或者Tritom X-100.也有助于提高PCR反应的专一性和可重复性。以上都不行则要重新设计引物。
另外,时机最好用新鲜的,操作注意防止污染。
2楼2013-06-08 17:25:06
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zhoulubin

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-09 22:05:04
二楼理论很扎实,可惜过于复杂
建议:
1.将测序样品要回,拿返回的样品做PCR;
2.换酶,重新稀释引物,换模板(重提DNA或反转录);
3.现在有很多预混的酶,都很好用的,至于Mg2+浓度,石蜡,BSA这些东西都是很落后的措施,现在PCR技术和试剂都很成熟,没必要自己花时间精力去摸索。
每个年龄都有其最应该做的事,但只有过了那个年龄自己才知道
3楼2013-06-09 09:36:20
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhoulubin at 2013-06-09 09:36:20
二楼理论很扎实,可惜过于复杂
建议:
1.将测序样品要回,拿返回的样品做PCR;
2.换酶,重新稀释引物,换模板(重提DNA或反转录);
3.现在有很多预混的酶,都很好用的,至于Mg2+浓度,石蜡,BSA这些东西都是很 ...

就是有混装好的酶就不需要自己选择实验条件和摸索了!如果是这样为什么版里还有大量的PCR的问题!

别的不说:光是稀释引物就没有定量化标准吗!?那个世纪公司能配出任何条件下都能适用的PCR试剂!!!???
4楼2013-06-10 01:46:57
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhoulubin at 2013-06-09 09:36:20
二楼理论很扎实,可惜过于复杂
建议:
1.将测序样品要回,拿返回的样品做PCR;
2.换酶,重新稀释引物,换模板(重提DNA或反转录);
3.现在有很多预混的酶,都很好用的,至于Mg2+浓度,石蜡,BSA这些东西都是很 ...

既然你那么有能耐!!!那么请你举出一种完全不用镁离子且能够适用各种条件下的PCR试剂出来让我们也听听!!!!
5楼2013-06-10 01:49:31
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-06-10 01:49:31
既然你那么有能耐!!!那么请你举出一种完全不用镁离子且能够适用各种条件下的PCR试剂出来让我们也听听!!!!...

3楼虫友也是出于好意提供建议,你也不用反应这么强烈吧

你提供的建议很全面,但有时候,有些虫友只是需要尽快获得结果,可能不需要钻的那么深,那么首先从三楼建议的方案出发就挺好。有些公司的预混产品就很不错,我在做一些拟南芥相关工作,比较过一些高保真酶,像Q5,Phusion的预混酶几乎可以满足所有实验需要,只是有时候调整一下退火温度。
植物生理群69993869,为避免广告,申请加入请提供木虫昵称,院校及专业信息
6楼2013-06-10 03:57:57
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zhoulubin

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by starseacow at 2013-06-10 03:57:57
3楼虫友也是出于好意提供建议,你也不用反应这么强烈吧

你提供的建议很全面,但有时候,有些虫友只是需要尽快获得结果,可能不需要钻的那么深,那么首先从三楼建议的方案出发就挺好。有些公司的预混产品 ...


二楼有点像我老板
每个年龄都有其最应该做的事,但只有过了那个年龄自己才知道
7楼2013-06-10 16:06:59
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learningying

铁杆木虫 (著名写手)

我现在和你的情况一样的。。理解下啦!现在做出来了吗?
加油,天道酬勤
8楼2014-10-27 19:54:48
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