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hahavv

新虫 (初入文坛)

[求助] 克隆时出现的和目的基因相似度很高的片段是什么

我在做TA克隆过程中，挑菌测序时除了获得目的片段A外，有一个菌落的片段B与目的片段相似程度很高，用的是cDNA做模板，物种是牛，目前已有基因组序列。在对B比对时没有搜到符合的序列，即使用部分片段比对也没结果，而A可以比对到结果。我现在困惑的是A和B的关系怎样的？为何基因组数据都有还比对不到呢，如果B和A是同一个家族的，要如何才能获得B的全长呢，部分序列比对见图，全长的比对相似程度为77%。请大家帮我思考一下这个问题

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1楼 2013-05-10 19:08:56
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bullfrog325

木虫 (正式写手)
★
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-10 22:46:11
A和B的关系应该是homolog.
为什么BLAST B没有结果? 可能B的序列还没有被发现, 虽然全基因组测序完成了, 但是总有空隙还没有拼接好. 为保险起见, 楼主可以搜索已经发表的, 和你用的cDNA相仿的RNA-seq数据, 从原始数据里找, 看看里面有没有你发现的B序列.
楼主可以设计对B特异性强的引物做3'和5' RACE.
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2楼2013-05-10 22:19:13
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muyouleya

铜虫 (正式写手)
建议你比对时不要选择牛这个物种，而是在全基因库中比对，看看B是否有结果
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3楼2013-05-21 20:01:46
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