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shiliyusly

新虫 (小有名气)

[求助] QPCR之引物设计(二)

大家好,我做QPCR扩增效率的时候遇到一个基因,之前测得的CT值是30左右,退火温度是54度,溶解曲线如图1。
我现在补做扩增效率,体系试剂什么都是一样的,可是测得的相同样品的CT值基本都在33左右我试过51-57度退火温度,扩增效率很低,连拟合度都不好,CT值比较低,我用的是2倍稀释度,怕是稀释不准,后来重复了几次,但结果依然不是很好。溶解曲线如图2。
大家看这是什么原因呢,感觉引物质量是还好吧?是要换引物吗?

图2.jpg

图1.jpg
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by shiliyusly at 2013-03-08 21:32:43
梯度浓度里有个浓度是以前的浓度,以前CT值是30,现在只有33了,5倍这个浓度的CT值也大于30。...

一般来说,最稀的样品CT不超过33的话问题不是很大。如果CT超过35的话就不好说了。你测的扩增效率有多少?
8楼2013-03-09 01:16:52
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普通回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shiliyusly: 金币+2 2013-03-07 13:15:03
同一cDNA经过冻化CT值会有一点变大。如果做相对定量的话问题不是很大,因为内参的CT也会变大。至于你说的温度梯度,一般是考虑在不同退火温度下的特异性和扩增效率。你的熔解曲线说明产物单一,特异性是不错的。至于扩增效率,要根据标准样品的CT来计算。
2楼2013-03-07 09:48:56
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
shiliyusly: 金币+1 2013-03-07 13:15:09
循环数偏大,可以通过稍微调整一下DNA浓度调整。
做扩增效率需要用质粒DNA作模板,如果SLOPE可以,但是扩增效率太低,那就需要换引物。
3楼2013-03-07 09:51:33
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shiliyusly

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-03-07 09:48:56
同一cDNA经过冻化CT值会有一点变大。如果做相对定量的话问题不是很大,因为内参的CT也会变大。至于你说的温度梯度,一般是考虑在不同退火温度下的特异性和扩增效率。你的熔解曲线说明产物单一,特异性是不错的。至于 ...

我做扩增效率是把原浓度模板稀释2倍,做4个梯度,再根据浓度和CT值做的曲线,仪器给出的扩增效率值不高
4楼2013-03-07 13:13:24
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shiliyusly

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-03-07 09:48:56
同一cDNA经过冻化CT值会有一点变大。如果做相对定量的话问题不是很大,因为内参的CT也会变大。至于你说的温度梯度,一般是考虑在不同退火温度下的特异性和扩增效率。你的熔解曲线说明产物单一,特异性是不错的。至于 ...

还有哦,我其他基因也是相同的方法,他们的CT值和之前相比就没什么区别的,这是为什么
5楼2013-03-07 13:14:56
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by shiliyusly at 2013-03-07 13:14:56
还有哦,我其他基因也是相同的方法,他们的CT值和之前相比就没什么区别的,这是为什么...

做扩增效率的时候CT值是在20-30之间吗?
如果这个基因的CT有变化而其它基因的没什么区别,可能是因为这个基因的结构问题,造成cDNA相对不稳定。这种情况不是很常见。
6楼2013-03-08 06:37:00
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shiliyusly

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-03-08 06:37:00
做扩增效率的时候CT值是在20-30之间吗?
如果这个基因的CT有变化而其它基因的没什么区别,可能是因为这个基因的结构问题,造成cDNA相对不稳定。这种情况不是很常见。...

梯度浓度里有个浓度是以前的浓度,以前CT值是30,现在只有33了,5倍这个浓度的CT值也大于30。
7楼2013-03-08 21:32:43
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shiliyusly

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-03-09 01:16:52
一般来说,最稀的样品CT不超过33的话问题不是很大。如果CT超过35的话就不好说了。你测的扩增效率有多少?...

最好的一次退火温度是62%,但是拟合度只有0.896,后来我模板有重新稀释还换了一个但是还是不好。
9楼2013-03-09 09:13:37
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
shiliyusly: 金币+3 2013-03-09 15:00:31
shiliyusly: 金币+2, 2 2013-03-12 21:40:18
引用回帖:
9楼: Originally posted by shiliyusly at 2013-03-09 09:13:37
最好的一次退火温度是62%,但是拟合度只有0.896,后来我模板有重新稀释还换了一个但是还是不好。...

差不多有90%,应该能凑合着用。实在不喜欢就换引物试试。

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10楼2013-03-09 11:09:28
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