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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR电泳结果分析，跪求解答
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气球猫

银虫 (初入文坛)

[求助] PCR电泳结果分析，跪求解答

我重复了有4、5次，但每次做出来都是这种结果。求解为什么引物1扩增出来的产物会是"W"形，而另一个引物就好好的。
说明：图1，左边是引物2(aqp4)的PCR结果，右边是引物1(aqp3)的结果
如果哪位虫友有比较好的引物，求赐教，万分感谢了！！

1.jpg
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1楼 2013-02-17 22:32:13
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huiniss

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-02-18 14:11:57
楼主的标准条带也是U型的啊，应该不是引物的问题。可以考虑电泳系统参数问题，改善一下参数。例如EB染色下1.5%琼脂糖凝胶电泳50V，1.5-2h
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2楼2013-02-18 08:43:54
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wqj1988926

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-02-18 14:11:48
楼主的PCR产物是在同一块胶上跑电泳的，应该是配的胶不均匀的问题，所以可能会有跑成W形的，重新制胶，再跑下。
楼主引物一的特异性好像不怎么好，有非特异性的扩增，建议重新设计引物。
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风雪夜归人
3楼2013-02-18 09:11:30
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sxxuan

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是不是跑的电压还是电流有问题？楼上有人提到过marker也跑得不整齐，一切以marker为准
有非特异性扩增，如果是为了克隆的话，切胶也无所谓
在排除了胶或电流电压的原因后，也可以减少上样量试试
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你的日子如何，你的力量也必如何！
4楼2013-02-18 15:29:06
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duane

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不是引物的问题，应该是你电泳出的问题。marker也有些弯曲
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5楼2013-02-18 15:56:01
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daniel_tang

金虫 (小有名气)

红魔

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
感覺是電泳的問題。不如把左邊的和右邊的互換一下，用?砼懦@個因素。
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player,gamer,lifer
6楼2013-02-18 17:12:38
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寒冰利剑

金虫 (小有名气)
根据marker的条带，应该是胶制的有问题
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岂能尽如人意，但求无愧我心。
7楼2013-02-19 00:28:48
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气球猫

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wqj1988926 at 2013-02-18 09:11:30
楼主的PCR产物是在同一块胶上跑电泳的，应该是配的胶不均匀的问题，所以可能会有跑成W形的，重新制胶，再跑下。
楼主引物一的特异性好像不怎么好，有非特异性的扩增，建议重新设计引物。

胶都是完全溶解然后选定同一个地方一次把胶倒下去，应该不是胶不均匀的问题。但是您说的有非特异性条带，我确实也注意到了，打算重新设计再做！
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8楼2013-02-19 00:44:24
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气球猫

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huiniss at 2013-02-18 08:43:54
楼主的标准条带也是U型的啊，应该不是引物的问题。可以考虑电泳系统参数问题，改善一下参数。例如EB染色下1.5%琼脂糖凝胶电泳50V，1.5-2h

嗯，谢谢您的建议，电压我一直用的是75V，之前marker都是正常的，但是换了个实验室的条件，400bp以上似乎经常出现条带扭曲
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9楼2013-02-19 00:45:57
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气球猫

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sxxuan at 2013-02-18 15:29:06
是不是跑的电压还是电流有问题？楼上有人提到过marker也跑得不整齐，一切以marker为准
有非特异性扩增，如果是为了克隆的话，切胶也无所谓
在排除了胶或电流电压的原因后，也可以减少上样量试试

胶应该是均匀的，我左边右边都上样过引物1的扩增产物，都会出现类似的现象。不过好像400bp以上，我跑的这几次marker都有点扭曲，不知道该怎么解决了
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10楼2013-02-19 00:47:15
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