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11720497

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因克隆问题

老师安排做一种植物A中的a基因的克隆,但是这个a基因在A中没有报道过任何信息,只能通过其他物种B、C中a基因序列保守序列设计兼并来P,但是老是P不出来。最近我用植物B中a基因的ORF设计引物来扩A的模板,结果P出来了条带,请问各位大侠,我接下来该怎么做?
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11720497

新虫 (初入文坛)

本人新申请的号,求各位大侠帮帮忙啊
2楼2012-11-27 10:47:06
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西农种子

木虫 (著名写手)

青虫还是酱爆的好

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
连接到载体上测序。测序回来以后与类似物种进行序列比对。
快来粉奶牛的围脖~~http://weibo.com/i/zhaoyuan913
3楼2012-11-27 10:50:46
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11720497

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 11720497 at 2012-11-27 10:47:06
本人新申请的号,求各位大侠帮帮忙啊

我那样做了,可是NCBI比对发现,和B中a基因相似度99%,怎么会这样啊
4楼2012-11-27 10:53:03
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11720497

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 西农种子 at 2012-11-27 10:50:46
连接到载体上测序。测序回来以后与类似物种进行序列比对。

我那样做了,可是NCBI比对发现,和B中a基因相似度99%,怎么会这样啊
5楼2012-11-27 10:54:31
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西农种子

木虫 (著名写手)

青虫还是酱爆的好

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5楼: Originally posted by 11720497 at 2012-11-27 10:54:31
我那样做了,可是NCBI比对发现,和B中a基因相似度99%,怎么会这样啊...

首先你要求证:相近报道的物种之间,是不是基因保守性很强。人体,动物,植物之间有些基因的保守性的确可以达到很高,比如泛素。
其次,如果是保守性不强。你又怀疑结果,推荐你用试剂盒做RACE。然后将得到的序列测序。
快来粉奶牛的围脖~~http://weibo.com/i/zhaoyuan913
6楼2012-11-27 11:00:55
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11720497

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 西农种子 at 2012-11-27 11:00:55
首先你要求证:相近报道的物种之间,是不是基因保守性很强。人体,动物,植物之间有些基因的保守性的确可以达到很高,比如泛素。
其次,如果是保守性不强。你又怀疑结果,推荐你用试剂盒做RACE。然后将得到的序列 ...

老师,我现在疑惑的是我兼并P了一个月都没出来条带,这次用这个特异P为什么P出来了而且比对还这么高?
7楼2012-11-27 11:11:10
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西农种子

木虫 (著名写手)

青虫还是酱爆的好

引用回帖:
7楼: Originally posted by 11720497 at 2012-11-27 11:11:10
老师,我现在疑惑的是我兼并P了一个月都没出来条带,这次用这个特异P为什么P出来了而且比对还这么高?...

我不是老师啊~~~我也是学生的亲~~

兼并引物不一定能扩增出来的~我们实验室有个孩子前段时间也是用的兼并并没有扩出来,后来做的RACE才测出序列的。结果比对差异也不是很大。
你说没扩出来还有可能就是引物设计的问题呐~~先看看是不是保守基因再决定是不是要做RACE吧~
快来粉奶牛的围脖~~http://weibo.com/i/zhaoyuan913
8楼2012-11-27 12:30:15
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11720497

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 西农种子 at 2012-11-27 12:30:15
我不是老师啊~~~我也是学生的亲~~

兼并引物不一定能扩增出来的~我们实验室有个孩子前段时间也是用的兼并并没有扩出来,后来做的RACE才测出序列的。结果比对差异也不是很大。
你说没扩出来还有可能就是引物设计 ...

我做的a基因在A中一点报道没,EST也没有,我现在是兼并扩不出来,所以才用的B植物中的a基因的ORF引物扩A模板,结果P出来比对100%。所以才感觉不靠谱。
9楼2012-11-27 13:51:48
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西农种子

木虫 (著名写手)

青虫还是酱爆的好

引用回帖:
9楼: Originally posted by 11720497 at 2012-11-27 13:51:48
我做的a基因在A中一点报道没,EST也没有,我现在是兼并扩不出来,所以才用的B植物中的a基因的ORF引物扩A模板,结果P出来比对100%。所以才感觉不靠谱。...

这样的啊~要不然的话就还是做RACE试试吧。我们实验室的那个做了RACE就弄好了。
植物A和B是不同科嘛?要是同科的话相似率还是蛮大的
快来粉奶牛的围脖~~http://weibo.com/i/zhaoyuan913
10楼2012-11-27 14:12:24
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