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tzaixmc

木虫 (正式写手)

[求助] 基因克隆表达中信号肽的问题

我最近想在大肠杆菌BL21中表达其他细菌的蛋白,用pet系列的载体。我的目的基因自身带有一段信号肽序列,我的目的是检测这种蛋白具有目的活性就行(不管是分泌型的还是不分泌的)。我想问的是我要设计引物的时候要去掉信号肽的部分吗?我可不可以选不带有信号肽的pet载体,把目的基因自身的信号肽也一起克隆进去?如果克隆进去的信号肽不能被切除是否会影响蛋白的活性?
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 专家,好久没见了哦 2012-09-03 13:47:28
tzaixmc: 金币+5 2012-09-03 19:38:22
1、信号肽最好去掉,没有去掉的话很大的可能表达出来是没有活力的,因为宿主不能识别这个信号肽序列,不会把信号肽切割,表达出来的是带信号肽的蛋白,不是你要的成熟蛋白,对活性一般是有影响的。
2、不一定要选择带信号肽的质粒,你如果要让蛋白分泌的话可以选择pet20等,如果如果想融合表达的话pet32、39都可以,如果没有这些要求,pet28是个不错的选择。
4楼2012-09-03 10:01:37
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tzaixmc: 金币+5 2012-09-04 08:27:30
小丹木木: 金币+3, 辛苦辛苦 2012-09-04 13:41:01
引用回帖:
5楼: Originally posted by tzaixmc at 2012-09-03 19:57:54
还有一个问题就是以pet24为例,有关转录起始和终止位点,翻译起始和终止位点。
1.转录肯定是从T7 promoter那儿开始的吧?
2.那转录有终止吗?细菌好像是单顺反子吧?
3。翻译是在Nde Ⅰ那儿的ATG开始吧?我如果 ...

1、转录肯定是从T7 promoter那儿开始。
2、转录有终止,T7 terminator。
3、翻译是是从Nde Ⅰ那儿的ATG开始,在BamH Ⅰ和Xh Ⅰ之间插入,即使ATG也是从Nde Ⅰ那儿的ATG开始翻译。
4、在BamH Ⅰ和Xh Ⅰ之间插入一段不带有TAA终止密码子的基因片段,如果没有移码,就是在你的TAA这里终止翻译。
5、你要用pet24的his-tag标签,就不能自己加终止密码子。
6楼2012-09-03 20:42:39
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
tzaixmc: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-09-04 15:06:06
引用回帖:
7楼: Originally posted by tzaixmc at 2012-09-04 08:43:38
还有几点不明白:
1.如果我的插入片段不带TAA,那是在His-tag后面的TGA那儿终止还是T7 terminator的TAA那儿终止?
2.两种起始密码子GTG,ATG,三种终止密码子TAA,TAG,TGA密码子都能在pet载体中在BL21中被正确起 ...

1、His-tag后面的TGA那儿终止。
2、起始密码子一般用ATG,三种终止密码子TAA,TAG,TGA都行,TAA用得多的点,TAG用得最少。
3、多一两个氨基酸一般影响不大的,要得到成熟肽采取的策略就是你说的融合其他标签后切掉。
8楼2012-09-04 09:22:43
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普通回帖

lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tzaixmc: 金币+5 2012-09-03 09:55:35
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-09-03 13:46:51
信号肽最好是去掉,因为带有信号肽表达不了,但是也有些个别例子就行。我以前就做过对照,去和没去的都做出来了,但是只有那么一个特例,其他的都不行。你是研究蛋白的活性,去掉信号肽后直接克隆到pet系列的载体上在BL21中表达,然后纯化就好,但是载体最好是不要带标签,要不然对你后期蛋白活性的研究有点麻烦,但带着也是没有问题的。
生物化学与分子生物学
2楼2012-09-02 22:08:03
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tzaixmc

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lidonghong at 2012-09-02 22:08:03
信号肽最好是去掉,因为带有信号肽表达不了,但是也有些个别例子就行。我以前就做过对照,去和没去的都做出来了,但是只有那么一个特例,其他的都不行。你是研究蛋白的活性,去掉信号肽后直接克隆到pet系列的载体上 ...

你的意思是说信号肽如果不切除的话可能会导致蛋白没有活性?那去掉信号肽的基因最好在pet多少的上面表达啊?是不是得用载体自身的ATG起始密码子?
3楼2012-09-03 09:55:21
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tzaixmc

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lxj341401 at 2012-09-03 10:01:37
1、信号肽最好去掉,没有去掉的话很大的可能表达出来是没有活力的,因为宿主不能识别这个信号肽序列,不会把信号肽切割,表达出来的是带信号肽的蛋白,不是你要的成熟蛋白,对活性一般是有影响的。
2、不一定要选择 ...

还有一个问题就是以pet24为例,有关转录起始和终止位点,翻译起始和终止位点。
1.转录肯定是从T7 promoter那儿开始的吧?
2.那转录有终止吗?细菌好像是单顺反子吧?
3。翻译是在Nde Ⅰ那儿的ATG开始吧?我如果在BamH Ⅰ和Xh Ⅰ之间插入一段带有ATG位点的基因,也还是从Nde Ⅰ那儿的ATG开始翻译吧?
4.我如果在BamH Ⅰ和Xh Ⅰ之间插入一段不带有TAA终止密码子的基因片段,那么是不是就是在T7 terminator的TAA终止翻译啊?那我的片段如果带有TAA终止密码子的话翻译就直接在我的插入片段的TAA这儿终止了吗?
5.如果我想表达一段经分析带有信号肽的序列,我想除去信号肽的同时又不想带上载体的标签,我应该怎么做?是以除去信号肽后的第一个氨基酸的密码子开始设计带有Nde Ⅰ酶切位点的正向引物,再设计带有TAA终止密码子的并有合适酶切位点的反向引物来扩增插入片段吗?
5楼2012-09-03 19:57:54
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tzaixmc

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by lxj341401 at 2012-09-03 20:42:39
1、转录肯定是从T7 promoter那儿开始。
2、转录有终止,T7 terminator。
3、翻译是是从Nde Ⅰ那儿的ATG开始,在BamH Ⅰ和Xh Ⅰ之间插入,即使ATG也是从Nde Ⅰ那儿的ATG开始翻译。
4、在BamH Ⅰ和Xh Ⅰ之间插入一 ...

还有几点不明白:
1.如果我的插入片段不带TAA,那是在His-tag后面的TGA那儿终止还是T7 terminator的TAA那儿终止?
2.两种起始密码子GTG,ATG,三种终止密码子TAA,TAG,TGA密码子都能在pet载体中在BL21中被正确起始和终止吗?效率一样吗?
3.关于上面的第5个问题,我不想要信号肽也不想要任何标签。那我就是利用Nde Ⅰ中的ATG起始翻译紧接着是去掉信号肽的成熟肽并带上基因自身的TAA。那实际上最后我的蛋白是去掉信号肽的部分但是N端还是带了ATG翻译出来的甲硫氨酸吧?那有没有什么策略可以得到单纯的成熟肽(其他载体可以带标签翻译出来再切掉)?推介一下
非常感谢!!
7楼2012-09-04 08:43:38
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tzaixmc

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by lxj341401 at 2012-09-04 09:22:43
1、His-tag后面的TGA那儿终止。
2、起始密码子一般用ATG,三种终止密码子TAA,TAG,TGA都行,TAA用得多的点,TAG用得最少。
3、多一两个氨基酸一般影响不大的,要得到成熟肽采取的策略就是你说的融合其他标签后切 ...

是不是只有pGEX系列的载体能实现先融合再切掉标签啊
9楼2012-09-04 15:06:56
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
tzaixmc: 金币+3 2012-09-05 10:53:42
引用回帖:
9楼: Originally posted by tzaixmc at 2012-09-04 15:06:56
是不是只有pGEX系列的载体能实现先融合再切掉标签啊...

pet系列也可以的,比如pet32、39等。
10楼2012-09-04 17:44:16
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