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小周

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 重叠延伸PCR引物合成求助

最近想把两个DNA片段连起来,想用SOE PCR的方法,看了半天引物设计时都没有搞明白。
假设我的片段A序列为:5’CGA GGATCCAG CATG GAG ACA GAC ACA CTC CTG CTA TGG GTA CTG ........ ACT GGT GACCAT CAT CAC CAT CAC CAT3’

B片段的序列为:5’GACGATGACGACAAGccagtaccccc................agggctcttcggcaaatgtaaGTCGACCAGG3’

希望的结果为A在前B在后:
5’CGA GGATCCAG CATG GAG ACA GAC ACA CTC CTG CTA TGG GTA CTG ........ ACT GGT GACCAT CAT CAC CAT CACCATGACGATGACGACAAGccagtaccccc................agggctcttcggcaaatgtaaGTCGACCAGG3’
中间两条引物该怎样设计呢?谢谢
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
telomerase: 金币+1, 谢谢你的热心应助 2012-03-24 20:36:38
小周: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-03-26 17:08:10
就是搭桥PCR。设计引物时A片段3‘端取20bp左右的碱基,B片段5’端取20个碱基左右,总碱基不要超过50bp(大于50公司合成会比较贵),同时合成该引物反向互补片段。
用这条引物跟B片段的反向引物扩增B片段。再用这条引物反向互补序列为反向引物与A片段的正向引物扩增A片段。
把上一步扩增的A,B产物等摩尔混合再用A片段的正向引物与B片段的反向引物扩增,跑胶,回收你需要的大小的片段。
hehe
5楼2012-03-24 16:16:08
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tyw2623

金虫 (小有名气)

overlapPCR

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  • 2012-03-25 21:18:04, 13.34 K

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

水遁
9楼2012-03-25 21:18:16
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普通回帖

颜英

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小周: 金币+2, 有帮助 2012-03-26 17:07:52
引物的设计不是有软件吗?我的实验也需要设计引物,师姐推荐我用primer premier5这个软件,因为我的目的基因还没确定,所以这个软件我还没用过,不知好不好用呵呵。。。
2楼2012-03-24 13:17:14
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小周

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 颜英 at 2012-03-24 13:17:14:
引物的设计不是有软件吗?我的实验也需要设计引物,师姐推荐我用primer premier5这个软件,因为我的目的基因还没确定,所以这个软件我还没用过,不知好不好用呵呵。。。

这个我知道,呵呵。连接片段稍微麻烦点。
3楼2012-03-24 14:57:01
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imyting

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小周: 金币+3, 有帮助, 网上的例子也看了,我大概也知道应该是样子,脑子有点笨,具体怎么设计想不明白。 2012-03-24 15:40:45
取A序列的末端20个和B序列的前端20个,分别与A和B进行PCR,再回收产物做模板进行第二次PCR。我只是举个例子,具体的引物你还得仔细分析一下。
悠哉游哉做实验,成兮败兮我随便
4楼2012-03-24 15:14:51
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小周: 金币+5, 有帮助 2012-03-26 17:08:23
就是说A片段的下游与B片段的上游交接处重叠30-40个碱基就行了。A片段的下游引物稍微再往B方向延伸一些,而B片段的上游引物往A方向延伸些,他们就能重复出一段重叠区域。
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
6楼2012-03-25 10:27:06
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to-be

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小周: 金币+5, 有帮助 2012-03-26 17:08:32
1.设计2对引物,A5‘ &3’ ;B5‘&3’;A3‘和B5’ 引物有大于15bp的overlap。
2. 分别扩增A和B;
3.A和BPCR 产物等摩尔比混合,共同做模板,用A5‘和B3’扩增。
4.如果扩增效果不好,可以将A5‘和B3’ 向中间移动20左右bp重新设计引物扩增。

可以查看Overlap extension PCR
生活是面镜子~
7楼2012-03-25 14:58:23
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生物一点点

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
有需要的话可以把具体序列发过来,给你设计 了试试哦

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

8楼2012-03-25 19:22:06
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小周

铁杆木虫 (著名写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by 生物一点点 at 2012-03-25 19:22:06:
有需要的话可以把具体序列发过来,给你设计 了试试哦

谢谢啦
10楼2012-03-26 17:11:15
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