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rollandyoung

金虫 (小有名气)

[求助] 质粒DNA提取成了这样,请大家帮忙分析一下

一、试验内容:
1. 质粒pCAMBIA1301DNA提取
2. 对提取的质粒DNA根据质粒图谱上的酶切位点进行验证性的酶切,所用酶Xho1。
3. 根据一篇已发表的论文所用的引物序列设计引物,进行验证性的PCR扩增。
二、主要试验材料:含有质粒的大肠杆菌(已经液体LB培养基摇菌16小时)
三、方法:参照分子克隆实验指南第三版 方案一 SDS碱裂解法制备质粒DNA:小量制备
四、结果:1.质粒DNA见电泳照片
          2.酶切产物经电泳显示无酶切产物出现
          3. PCR扩增无扩增产物出现
问题:
综合上述结果,使我对我提取的质粒DNA的质量产生了疑问,总结了以下问题
1. 我知道正常的质粒DNA电泳应该能够呈现出很亮且较宽的带型,这种情况属于正常吗?大家是否以前也遇到过这样的问题,是怎样解决的?
2. 质粒DNA提取过程中有哪些需要注意的地方?
3. 提取质粒DNA用到的试剂有特殊的要求和需要注意的地方吗?
4. 除上述问题外还有哪些需要注意和改进的地方?

已经被这个问题困扰了整个假期了,严重地影响了下一步的试验进程,故求助的心情十分之迫切,希望大家不吝赐教,在此先行谢过!
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keyasyie

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
17楼: Originally posted by rollandyoung at 2011-09-02 12:32:40:
1. 之前按照说明书的反应体系我做过,电泳显示无酶切片段。
2. buffer是按照说明书的要求加的,质粒DNA的量确实是多了一些,原因是我提的质粒DNA就不亮,所以我把质粒的反应量提高了。
3. 继续求助,呵呵!

不知道你用的什么公司的酶
一般来说10X的BUFFER 20ul体系加2ul足够了
质粒DNA浓度低可以多提取几次 然后混在一起 在浓缩纯化一下
分子克隆上的方法很经典 老板没钱就不用买试剂盒了
个人观点 仅供参考 希望对你有帮助
24楼2011-09-03 17:39:15
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普通回帖

空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


rollandyoung(金币+10): 感谢你的帮助,祝实验顺利! 2011-08-29 16:25:01
西瓜(金币+1): 热心专家! 2011-08-29 17:53:10
a?,c??ae~?a,EURc§?c?μé-,cs,,a‘?é?“i1/4?i1/4?i1/4?i1/4?
2楼2011-08-29 15:41:09
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peace12039088

银虫 (小有名气)

★ ★
dhd997(金币+2): 鼓励交流 2011-09-01 18:50:50
每次提的都这样吗?我也遇到过跑胶带型很差的情况,但似乎酶切验证后,还是符合预期的。琼脂糖胶跑的效果不好也有可能是胶本身的问题。所以,建议酶切或PCR 验证一下。
3楼2011-08-29 16:55:33
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rollandyoung

金虫 (小有名气)

pcr和酶切我全都做了,但是都没做出来,正因为如此我才怀疑是质粒的提取问题,感谢你的建议。
4楼2011-08-29 18:56:48
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linyanfei

铜虫 (小有名气)

你可以买一个小型质粒提取试剂盒试试,效果应该比你这个要好吧
5楼2011-08-29 20:27:47
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eileen8519

金虫 (小有名气)

买一个试剂盒用用,提质粒方便快速!
6楼2011-09-01 13:20:19
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zhangxn2010

木虫 (著名写手)

让一切随风飞翔


dhd997(金币+1): 鼓励交流 2011-09-02 06:56:45
你的maker是多大?
感觉这个质粒若为环状超螺旋不会这么大
一直向前!
7楼2011-09-01 13:26:00
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sfb1020

金虫 (小有名气)

我们实验室就用分子克隆的方法,没有问题的。你提的质粒做RNA酶消化了吗?酶消化后还要去除RNA酶,否则可能会对PCR和酶切有影响。
8楼2011-09-01 16:27:55
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xbl3688

银虫 (正式写手)

★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-09-01 18:51:11
1、查了一下,你这个载体很大诶,8000-10000kD吧。你用的marker太小了,可以换一下1K(最大为10000kD)的marker。
2、抽质粒跑胶图带的大小不是很准确,单酶切后大小就准确了。
3、你做了单酶切是什么结果啊,酶切条件可以拿出来看一下
生活的乐趣在于善于发现美,学会欣赏美
9楼2011-09-01 16:56:29
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character

新虫 (小有名气)

★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-09-01 18:51:21
pCAMBIA1301是低拷贝的载体 不太容易操作。提取质粒时一定要用氯仿把中酚抽干净 以免影响限制性内切酶和Taq酶的活性。
10楼2011-09-01 17:21:28
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