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青菜小虫

银虫 (著名写手)

风居住的街道

[求助] PCR , 双酶切,连接问题

请问一下PCR用高保真的酶P 3000多的片段,突变率大吗?还有PCR 的目的片段纯化后,双酶切效果如何?把两个目的片段同时往载体上连的话,一个片段是3000bp,一个是2000bp,载体5380bp,用的是TAKARA的连接试剂盒,两个片段的合适比例是多少啊?
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生命即这般无尽变数,辗转来去皆苛求不得
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zhangxn2010

木虫 (著名写手)

让一切随风飞翔

【答案】应助回帖

青菜小虫(金币+2): 谢谢你的建议 2011-08-27 19:47:58
1949stone(MolEPI+1): 都是牛人啊 2011-08-27 21:23:36
我以前做载体构建用的都是pfu酶克隆片段,基本没出现错配现象,连接过程想保险的话还是要先连接T克隆载体,不过技术高超可以两片段和载体一起连接。
DNA回收的质量和连接太重要了,我曾经因为一个小细节白白做了两个月,不过最后还是成功连接了。
像你这样两个大片段和载体相连不容易,细节决定成败。
祝你好运!
一直向前!
7楼2011-08-27 17:21:32
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普通回帖

blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

青菜小虫(金币+5): 谢谢你的解答。 2011-08-27 14:26:48
1949stone(MolEPI+1): 这个要epi 13k的 可以么? 2011-08-27 21:22:53
我们实验室扩增长片段常用的是Takara的primer star,有记录的是7.3k。没错碱基,楼主可以试一下!目的片段纯化后如果量足够大,酶切也没问题的,别忘了加上保护碱基。两个大片段往载体上连接难度可能大些,但也能成功,曾经连接过14k,1k,700bp的和7.3k,3.8k,700bp的能连上但费了不少功夫!关于比例这个楼主最好咨询一下技术顾问,偶也没太多的经验,就是多做了些连接转化就搞定了!
jiayoubashaonian
2楼2011-08-27 12:08:07
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青菜小虫

银虫 (著名写手)

风居住的街道

引用回帖:
2楼: Originally posted by blackrose8089 at 2011-08-27 12:08:07:
我们实验室扩增长片段常用的是Takara的primer star,有记录的是7.3k。没错碱基,楼主可以试一下!目的片段纯化后如果量足够大,酶切也没问题的,别忘了加上保护碱基。两个大片段往载体上连接难度可能大些,但也能 ...

你说的Takara的primer star,我在Takara的目录上没有找到,能给我具体指一下名称吗?还有目的片段纯化后酶切为什么要加保护碱基?再麻烦你一下啦
生命即这般无尽变数,辗转来去皆苛求不得
3楼2011-08-27 14:53:25
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青菜小虫

银虫 (著名写手)

风居住的街道

引用回帖:
2楼: Originally posted by blackrose8089 at 2011-08-27 12:08:07:
我们实验室扩增长片段常用的是Takara的primer star,有记录的是7.3k。没错碱基,楼主可以试一下!目的片段纯化后如果量足够大,酶切也没问题的,别忘了加上保护碱基。两个大片段往载体上连接难度可能大些,但也能 ...

如果酶切位点不是很靠边的话,是不是保护碱基也可以不用加?
生命即这般无尽变数,辗转来去皆苛求不得
4楼2011-08-27 14:57:28
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 青菜小虫 at 2011-08-27 14:57:28:
如果酶切位点不是很靠边的话,是不是保护碱基也可以不用加?

楼主最好看一下酶的说明书或是咨询一下技术!
jiayoubashaonian
5楼2011-08-27 15:15:52
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
1949stone(金币+3): 牛人 支持 想你学习 2011-08-27 21:23:18
引用回帖:
3楼: Originally posted by 青菜小虫 at 2011-08-27 14:53:25:
你说的Takara的primer star,我在Takara的目录上没有找到,能给我具体指一下名称吗?还有目的片段纯化后酶切为什么要加保护碱基?再麻烦你一下啦

1   PrimeSTAR HS DNA Polymerase是兼具高保真性和高扩增效率的PCR用DNA聚合酶。因其具有极强的3’→5’Exonuclease活性而显示出超群的校正功能,同时还具有优于Taq DNA Polymerase的高扩增效率。制品中添加了在常温状态下能够抑制DNA Polymerase活性及3’→5’Exonuclease活性的抗体,有效防止PCR反应前的引物错配和引物消化。与最适反应Buffer配合使用,可以实现对广泛靶序列的高保真性、高灵敏度、高特异性、高成功率的扩增,对于cDNA克隆等要求高保真的PCR反应发挥最强大的威力。使用本制品扩增得到的PCR产物几乎都为平滑末端,经磷酸化后可直接克隆于具有平滑末端的载体中。
2 GC含量高的话:
PrimeSTARHS DNA Polymerase with GC Buffer适用于高保真扩增具有复杂二级结构的DNA模板(GC rich、重复序列等)。PrimeSTARHS DNA Polymerase具有极强的3′→5′Exonuclease活性,显示出超群的校正功能,同时还具有优于Taq DNA Polymerase的高扩增效率。本制品对cDNA克隆等要求高保真的PCR反应能够发挥强大威力,并能对高GC含量模板进行高效扩增。使用本制品扩增得到的PCR产物几乎都为平滑末端,经磷酸化后可直接克隆于具有平滑末端的载体中。
jiayoubashaonian
6楼2011-08-27 15:19:08
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青菜小虫

银虫 (著名写手)

风居住的街道

引用回帖:
7楼: Originally posted by zhangxn2010 at 2011-08-27 17:21:32:
我以前做载体构建用的都是pfu酶克隆片段,基本没出现错配现象,连接过程想保险的话还是要先连接T克隆载体,不过技术高超可以两片段和载体一起连接。
DNA回收的质量和连接太重要了,我曾经因为一个小细节白白做了 ...

我就是为避免T载体,所以才选择PCR把很大的条带p出来的,之前把T载体的片段酶切下来往别的载体连接的时候,就算用切胶回收试剂盒,回收两次我老师说还是有T载体污染,我都不知道怎么办。。。所以采用这样的方法,不过谢谢你的建议
生命即这般无尽变数,辗转来去皆苛求不得
8楼2011-08-27 19:47:35
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zhangxn2010

木虫 (著名写手)

让一切随风飞翔

引用回帖:
8楼: Originally posted by 青菜小虫 at 2011-08-27 19:47:35:
我就是为避免T载体,所以才选择PCR把很大的条带p出来的,之前把T载体的片段酶切下来往别的载体连接的时候,就算用切胶回收试剂盒,回收两次我老师说还是有T载体污染,我都不知道怎么办。。。所以采用这样的方法, ...

为什么会有T载体污染呢?
要做高难度的连接要保证DNA的质量,PCR胶回收恐怕不能很好保证
一直向前!
9楼2011-08-28 08:21:40
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青菜小虫

银虫 (著名写手)

风居住的街道

引用回帖:
9楼: Originally posted by zhangxn2010 at 2011-08-28 08:21:40:
为什么会有T载体污染呢?
要做高难度的连接要保证DNA的质量,PCR胶回收恐怕不能很好保证

我也不知道怎么回事,每次切的时候自己都舍弃一些带,因为怕有杂带。我想问一下怎么保证DNA的质量?
生命即这般无尽变数,辗转来去皆苛求不得
10楼2011-08-28 09:17:34
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