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lliuzhi

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】PCR求助 已有9人参与

本人做的是普通PCR,刚开始做一直有目的产物,用的是生工的Taq酶,但是总会出现阶段性没有产物的情况,甚至都没有非特异性产物和引物二聚体。之前怀疑是酶出了问题或者是模板降解了,但是经检测后模板没有问题,也换了Taq、 TAKARA的Extaq、rtaq、生工的Pfu、可是仍旧没有产物,后来偶然用同样的东西又能P出来了,但是很不稳定,过几天又没有了,请问高手是什么问题呢
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
每次做3个平行,减少偶然因素
小木虫之有关部门负责人
2楼2011-03-17 09:12:44
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xwsooo

银虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+2): 有道理 2011-03-17 10:52:22
检查实验记录,何时做出来,何时又没有;还有,加样时要准确,特别在微量情况下,误差容易变大。这是我的一点体会。还有,可能就是体系还不完善,才会出现如此貌似怪异的事件。
3楼2011-03-17 10:26:09
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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
第一次做不出来的时候,二次PCR,我有的甚至做过三次PCR,能出结果
不在沉默中爆发,就在沉默着死亡!
4楼2011-03-17 10:40:58
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Allanflying

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
影响因素会很多,PCR仪有时候还抽疯呢
5楼2011-03-17 11:25:18
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guoxingjun2008

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
看天(金币+2): 鼓励 2011-03-17 13:09:24
首先怀疑你的反应体系可能不完善,造成了不稳定,这应该是最主要的原因,当然前提是你的模板、引物和酶没有问题。建议你做梯度PCR优化一下体系,另外向上面朋友说的一样,要考虑偶然因素。
6楼2011-03-17 11:59:36
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lliuzhi

金虫 (正式写手)

谢谢大家
7楼2011-03-18 15:57:45
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zhangby2002

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by lliuzhi at 2011-03-17 08:53:50:
本人做的是普通PCR,刚开始做一直有目的产物,用的是生工的Taq酶,但是总会出现阶段性没有产物的情况,甚至都没有非特异性产物和引物二聚体。之前怀疑是酶出了问题或者是模板降解了,但是经检测后模板没有问题,也 ...

假如引物没问题的话,优化PCR体系,加大模板量以及循环数~试试看!
业精于勤,荒于嬉;行成于思,毁于随。
8楼2011-03-19 16:41:42
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bioartist

木虫 (正式写手)

无菌草莓


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我认为这问题的原因很多!
1. 程序问题,请确定PCR仪器和设定的程序;
I. 变性温度足够,对于基因组95度5min可以了,以菌液为模板的话,阴性菌可以延长5min,而阳性菌则可以延长到15min,不比担心聚合酶变性;
II. 退火温度,第一次做的话,可以设定一个梯度,退火50-65度的温度梯度,这个范围30S时间对于引物都可以与模板结合;
III. 延伸温度,taq酶-1.0K/min,pfu酶-0.5K/min;各个公司的常规聚合酶的差别主要在保证性和延伸速度上,大多数都差别不大,没别要频繁更换聚合酶;

2. 引物问题
  请再次分析下你的序列,是否和你要扩增的基因匹配,并且预测下它们的Tm值,请不要低于55度,我个人常用的Tm值一般在58-62度之间;

3. 对于上面提到的加样问题,在实验操作时,也要注意小心加样,聚合酶太多的话,对反应是有抑制作用的,根据每种聚合酶自己的说明书参考设计反应体系即可。

以上是个人的一些经验,楼主如果有什么问题,可以随时和我联系。祝你成功。
9楼2011-03-19 17:05:49
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lliuzhi

金虫 (正式写手)

谢谢大家的帮助。
10楼2011-03-20 08:19:57
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