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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】PCR之后的产物与设计引物时产物的大小不符？
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dongfangzz

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】PCR之后的产物与设计引物时产物的大小不符？ 已有5人参与

我要做实时荧光定量PCR，提取的RNA逆转录之后，以cDNA为模板PCR（引物是以mRNA序列设计的）。 PCR之后的产物跑电泳时与设计引物时产物的大小不符。设计引物时产物应为170bp, 而实际产物为200多个bp。
这是怎么回事？
marker为DL1000DNA，共7个带（100、200、300、400、500、700、1000）


连接看不到，再来一个。
http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=98985479lxqhk563rrgo7vt

不知是不是和RNA降解有关系?
先谢谢大家了!

[ Last edited by dongfangzz on 2010-9-14 at 23:44 ]
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1楼 2010-09-11 11:44:47
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won7

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
设计引物时预期的长度应该包括引物的部分，你说的170bp是否包括了引物？
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2楼2010-09-11 16:50:27
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dongfangzz

银虫 (小有名气)
我不知道呀，公司用primer3.0给设计的。设计后直接把文本文档给发过来了，让我比对。里面信息挺全的,。有一项说product size: 170.
部分原文件：
ADDITIONAL OLIGOS
                                start  len      tm     gc%   any    3' seq
2 LEFT PRIMER         184   20   60.11   55.00  2.00  1.00 gaccctgccttaccaactca
   RIGHT PRIMER       353   20   61.55   60.00  5.00  0.00 cactgtggagacgcccatac
   PRODUCT SIZE: 170, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
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3楼2010-09-11 17:02:57
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won7

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看样子，预期是应该170bp，你换个公司的MARKER再跑电泳看看，是不是不同公司的MARKER的错误。
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4楼2010-09-11 19:39:48
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bigboy123

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
一切都是有可能的，很多人都跑不出条带，荧光PCR依旧很棒。不能太拘泥这个。跟模板有关系，很有可能你遇到的是个缺失的那个，可以测序。
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供应PCR增量剂
5楼2010-09-12 09:55:04
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王家大成

木虫 (正式写手)

囧囧小虫
★
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有时候会大会小，没有关系
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一念起，万水千山；一念灭，沧海桑田！
6楼2010-09-12 10:27:20
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dongfangzz

银虫 (小有名气)
我不知道这样的结果能不能用.
我着方面了解的少．我推测原因至少有２个:
1. 引物的问题.我当时合成了几个基因的引物,公司包装时把引物给装错了管子;
2. marker的问题．
肯定还有其他可能．

不知大家有没有个系统的解释呀?
谢谢！
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7楼2010-09-12 15:24:31
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yangjie86

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主，你做的荧光定量PCr是用探针还是染料的，你的引物都是公司给设计的吗？我也要做所以想交流一下了。
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莫回头看背后的身影。
8楼2010-09-13 14:09:41
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