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数到三咱就撤

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR产物做酶切 已有2人参与

PCR产物片段大小是745bp,要做的是通过酶切分基因型,不同的酶切结果对应不同的基因型。酶切后共有三种基因型,第一种是酶切后两条带,528和217;第二种是三条带,745,528和217;第三种是一条带,745。现在酶切结果最多的时候能出现五条带,分别在1000左右、745、528、500左右、217。用的酶是thermo的Apa I.PCR体系是15微升,之后直接加0.5微升的酶和1微升的buffer,酶切3小时。哪位大神能赐教一下这是怎么个情况?之前做的都没有出现这种情况,酶切之后条带怎么会变大呢??

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数到三咱就撤

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by jackyoung at 2016-05-10 00:15:38
以后遇到这种酶切问题直接将PCR产物稀释两倍进行酶切,即内切酶+buffer+水配2X mix,一般可以保证排除PCR产物影响酶切的可能。酶切时间稍微控制一下,比如1hr(好像ApaI易失活,多了也没用,半衰期30min ??),至于 ...

左边图片是PCR产物7.5微升加水7.5微升混匀,加0.5微升 Apa I,1微升 buffer酶切。四个样一组,共16个不同的样品。酶切时间从左到右依次1H,1.5H,2H,2.5H。右边图片是别人做的,就按照右图进行分型。我想问一下,酶切时间多久比较合适?怎么确定酶切是否完全呢?(GG型如果没有酶切完全的话是三条带,酶切完全的GT也是三条带)
PCR产物做酶切


PCR产物做酶切-1



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8楼2016-05-11 17:37:26
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
有可能PCR产物不纯。
2楼2016-05-09 16:38:10
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数到三咱就撤

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-05-09 16:38:10
有可能PCR产物不纯。

我做过PCR产物直接跑胶,条带是单一的。

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3楼2016-05-09 17:56:21
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

那就不知道了,很诡异的结果。
4楼2016-05-09 18:20:34
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