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嘻嘻小巫

金虫 (小有名气)

[求助] 急!PCR产物做模板,改变primer做第二次PCR,无条带! 已有1人参与

求助:
想通过三次PCR,延长序列,目标size:5kb
第一次PCR,5kb处为主带,下方small size有杂带,为避免下次PCR干扰,切胶回收产物,纯化后跑胶,再无杂带,条带清洗明亮。
用该产物做第二次PCR,希望在5‘端加入50bp,故此次PCR的5’primer为70bp,其中有28bp与第一次PCR primer重合,3‘ primer与第一次完全相同25bp,做第二次PCR,怎么做,都没有结果,只有非常小的区域有杂带。尝试更换新的酶(Phusion)和buffer,尝试不同的program都无效,98°热启动,98°:30’’,61°:30’’,72°:2’30’’,优化过不同的退火温度,也用过4’的延长时间,都是一点产物都没有。查了很多资料,看了很多帖子,不知道问题究竟出在哪里。
请教各位,问题出在哪里,有做过类似的实验请给点建议。
谢谢!
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kangaroo0513

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香,分子生物期待您更多精彩。 2015-10-20 16:55:55
最近我也遇到了相同的问题。更换引物吧,有的引物就是特别难P,我也不知道为毛。。。我做点突变,用重叠PCR,4个点突变,只有一个的重叠前半段P不出,其他的都好好的。。。

最近的经验值=
1.降低退火温度,试试gradient看看能不能跑出来目的条带
2.重新设计引物,不匹配区的碱基换换。。我能跑出来的引物和不能跑出来的引物就差两个碱基,相同位置一个是G一个是A。。。
2楼2015-09-03 15:59:31
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弱者退散

铁虫 (小有名气)

会不会是上下游引物TM值相差太远的原因,毕竟上游引物那么长。
3楼2015-10-20 16:06:18
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