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喝茶的面包

银虫 (初入文坛)


[求助] PCR凝胶电泳图求助 已有2人参与

自己设计的引物,PCR过后凝胶电泳,拍出来的图如附件,最右边没有加DNA模板,用DEPC处理水代替的,请问跑出来的条带是非特异性扩展的产物吗?

PCR凝胶电泳图求助
PCR.jpg
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奇怪人生123

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-01-15 22:30:56
看了你的电泳图,听了你的描述,有疑问:1.你说用DEPC水作为模板的阴性对照,位置具体是哪一电泳道?最后在电泳图上标明。(直说最右边真不清楚你说的是哪一个)2.你的目的条带是多大的?
看电泳图,中间有一条比较亮的条带,似乎是你的目的条带。同时,也有许多杂带(非特异性条带),怀疑与PCR时退火温度的选择有关。
实时荧光定量PCR(TaqMan探针法)欢迎和大家探讨~
2楼2016-01-15 16:20:46
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普通回帖

大海一孤舟

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-15 22:31:10
连水都有条带,要不就是水污染了模板,要不就是实验出现了错误;
如果排除以上的可能性,那就是引物自身的扩增,可以考虑更换引物。
3楼2016-01-15 16:21:08
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喝茶的面包

银虫 (初入文坛)


引用回帖:
2楼: Originally posted by 奇怪人生123 at 2016-01-15 16:20:46
看了你的电泳图,听了你的描述,有疑问:1.你说用DEPC水作为模板的阴性对照,位置具体是哪一电泳道?最后在电泳图上标明。(直说最右边真不清楚你说的是哪一个)2.你的目的条带是多大的?
看电泳图,中间有一条比较 ...

你好,DEPC水作为模板的阴性对照是在泳道5,采用MarkⅡ作为参照,目的产物的大小根据基因库里下载的序列算出来理论值为198bp(是否准确还有待验证),退火温度为65℃。请问,中间的条带不是引物二聚体吧?
PCR凝胶电泳图求助-1
PCR.jpg

4楼2016-01-15 19:34:02
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喝茶的面包

银虫 (初入文坛)


引用回帖:
3楼: Originally posted by 大海一孤舟 at 2016-01-15 16:21:08
连水都有条带,要不就是水污染了模板,要不就是实验出现了错误;
如果排除以上的可能性,那就是引物自身的扩增,可以考虑更换引物。

引物是自己设计的简并引物,更换引物的话,需要花费很多精力,所以需要确定具体哪里出问题了,DEPC处理水,我再做次实验验证一下。
5楼2016-01-15 19:36:17
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奇怪人生123

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你中间较亮的条带肯定不是引物二聚体,引物二聚体大小很小,电泳后100 bp都不一定能达到。而且,引物二聚体也不是这个样子的。
如果确定没有在阴性对照误加入模板,我就很怀疑是否你的水或者试剂有DNA污染。首先确定水是需要是无菌水(最好用刚灭过菌或新拆封的),接下来需要排除引物和酶是否有污染。
实时荧光定量PCR(TaqMan探针法)欢迎和大家探讨~
6楼2016-01-17 22:14:53
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997821428

铜虫 (小有名气)

请问一下,你们这些照片是用凝胶成像仪拍出来?我的就拍不出来这种效果

发自小木虫Android客户端
姐不约,咱不约。啥?为啥?姐爱妹子
7楼2016-02-18 23:08:00
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8023xz

铁杆木虫 (文坛精英)

除了上述这些,看看pcr管是不是有问题

发自小木虫Android客户端
8楼2016-02-18 23:13:17
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匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
9楼2016-02-19 00:30:36
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喝茶的面包

银虫 (初入文坛)


引用回帖:
7楼: Originally posted by 997821428 at 2016-02-18 23:08:00
请问一下,你们这些照片是用凝胶成像仪拍出来?我的就拍不出来这种效果

是采用凝胶成像仪拍出来的图,除了mark效果还行以外,pcr产物进行凝胶电泳后拍照效果不是很理想,具体原因还在查找。您指的拍不出这种效果具体是什么呢?
10楼2016-03-02 15:34:18
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