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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » CODEHOP简并引物结果怎么看
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草蔻年华

新虫 (小有名气)

[交流] CODEHOP简并引物结果怎么看 已有5人参与

利用CODEHOP设计简并引物后给出的结果是这样的：5'-TCTCCGGCGGCcayntnaaycc-3'，我想知道这就是简并引物吗？后面那一串小写的字母是什么意思？要是合成引物的话就这么写吗？
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1楼 2015-06-30 16:21:42
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匿名

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5楼2015-07-01 00:29:40
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
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后面小写的表示该段中有简并碱基，其中Y、N就是简并碱基，合成引物时直接可以这样写。
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草蔻年华
4楼2015-06-30 18:59:37
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huanancy2012

银虫 (小有名气)
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是兼并引物，但兼并度有些高，根据物种亲缘关系，可降低兼并度，增加扩增目的片段的几率。
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淡定人生！
7楼2015-07-03 19:13:43
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竹砚

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11楼: Originally posted by louis_cheung at 2015-10-14 12:54:50
一般正常的酶就行（如果模板和引物正常的话），我用PLATINUM Taq HIFI、TAKALA的 Primstar HS和GXL等，批不出来可能与模板和引物有关~你的模板和引物GC高吗？Tm是否合适？简并碱基数量及位置是否合适？...

模板验证过了是没有问题的，引物的GC含量不太高，PCR的退火温度是根据引物合成单上的TM值试的梯度。不太明白您说的简并碱基的位置，引物序列是这样的：
上游引物：CCWCCWGTNCCWGTNCCWAARATHAARGG，下游引物:TCDATRTCCAGYTCDATRAAYTCNACCCA。
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记得心中的那个梦。
12楼2015-10-15 09:59:33
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草蔻年华

新虫 (小有名气)
有虫友帮忙解答一下吗？
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2楼2015-06-30 16:36:31
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草蔻年华

新虫 (小有名气)
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3楼2015-06-30 17:43:41
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草蔻年华

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4楼: Originally posted by stone2239 at 2015-06-30 18:59:37
后面小写的表示该段中有简并碱基，其中Y、N就是简并碱基，合成引物时直接可以这样写。

谢谢朋友的的解惑！
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6楼2015-07-01 09:47:37
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竹砚

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5楼: Originally posted by louis_cheung at 2015-07-01 00:29:40
大写的是夹板序列，小写的核心序列，后者有简并碱基~

您好，请问怎么对codehop设计得到的简并引物进行评估啊？选取75分以上的，上游有12条，下游有17条。
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记得心中的那个梦。
8楼2015-10-13 10:24:30
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匿名

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9楼2015-10-13 13:25:28
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竹砚

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9楼: Originally posted by louis_cheung at 2015-10-13 13:25:28
(⊙o⊙)…我能说我设计简并引物时是自己写算法的么？？
我不用codehop的~~评估的话PRIMER之类的软件应该可以吧？？
codehop相关参考文献见http://muchong.com/html/201104/3011161.html...

兼并引物用的酶有特殊要求吗？我之前用过文献里面的简并引物，用TAKALA的 rTaq酶进行PCR的，但是没有得到目的条带，请问您是用的什么酶呢？
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记得心中的那个梦。
10楼2015-10-14 10:51:25
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