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草蔻年华

新虫 (小有名气)

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[交流] CODEHOP简并引物结果怎么看已有5人参与

利用CODEHOP设计简并引物后给出的结果是这样的：5'-TCTCCGGCGGCcayntnaaycc-3'，我想知道这就是简并引物吗？后面那一串小写的字母是什么意思？要是合成引物的话就这么写吗？

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1楼 2015-06-30 16:21:42

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

竹砚

铜虫 (小有名气)

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引用回帖:

11楼: Originally posted by louis_cheung at 2015-10-14 12:54:50
一般正常的酶就行（如果模板和引物正常的话），我用PLATINUM Taq HIFI、TAKALA的 Primstar HS和GXL等，批不出来可能与模板和引物有关~你的模板和引物GC高吗？Tm是否合适？简并碱基数量及位置是否合适？...

模板验证过了是没有问题的，引物的GC含量不太高，PCR的退火温度是根据引物合成单上的TM值试的梯度。不太明白您说的简并碱基的位置，引物序列是这样的：
上游引物：CCWCCWGTNCCWGTNCCWAARATHAARGG，下游引物:TCDATRTCCAGYTCDATRAAYTCNACCCA。