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小茶91520

铜虫 (小有名气)

[求助] 各位虫友能帮忙分析下我提取的果实RNA问题可能出在哪吗? 已有9人参与

操作步骤
1) 取 800ul 提取缓冲液加入 2ml 离心管中,预热至 65℃
2) 取新鲜样品放入研钵,在液氮中迅速研磨成粉末状。
3) 迅速将 50-100mg 粉末状样品转入预热的提取缓冲液中, 涡旋振荡器混匀,65℃水浴 10min,每隔 2min 混匀一次。
4) 水浴结束后, 冷却至室温。
5) 向离心管中加入等体积氯仿/异戊醇(24:1), 涡旋振荡器充分混匀,冰浴10min。
6) 离心管在 4℃下 12000×g 离心 10min。
7) 取上清,转入新的 2ml 离心管,重复操作(5)、 (6)。注:如果中间层仍有物质,可以继续重复步骤( 5)和( 6),直至中间层较干净为止(但最多抽提 4 次,过柱时抽提 3 次,否组次数太多会降解)。
8) 取上清,转入新的 1.5ml 离心管中, 加入 1/3 体积的 8M LiCl,混匀,加入等体积的异丙醇,混匀, 放入-20℃冰箱1小时。
9) 4℃, 12000×g 离心 15 min。弃掉上清,注意不要倒出沉淀。
10) 向 RNA 沉淀中加入 1ml 75%乙醇, 漩涡振荡器上振荡混匀 5s, 4oC, 7500×g离心 5min,弃上清。
11) 4oC, 7500×g 离心 1min,用枪头小心吸弃多余液体。


提取了很多次,效果都不好!恳请各位帮忙分析一下!图中间是mark,右边是实验提取的RNA。是不是RNA降解的太厉害?还是DNA降解所出现的拖尾现象?

各位虫友能帮忙分析下我提取的果实RNA问题可能出在哪吗?
IMG_2443.JPG
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lichj

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小茶91520: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-06-17 16:36:38
从图上看RNA明显降解了。不知道你的试剂是什么配方,植物中富含多酚和多糖,果实中多糖含量很高,用常用试剂通常效果不好,现在有很多文献,里面是一些改良方法,比如加入PVP除酚类物质,巯基乙醇防止氧化,licl是可以除多糖的,但是它在沉淀RNA的时候是选择性沉淀分子量大的RNA,一些低分子量的可能会丢失,你如果做小RNA,或tRNA类的研究最好不用此方法,可以用终浓度10%的乙醇离心去除多糖。多查查文献吧,我们提这一类的植物RNA都是自己配制的试剂,比试剂盒好一些。
14楼2015-06-17 15:39:15
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普通回帖

晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-06-17 22:51:24
从图上看,不知道你的marker多大,感觉更像DNA条带。
你的提取方法以前成功过吗?何不试试Trizol或是现在很多的试剂盒?
2楼2015-06-16 20:17:46
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小茶91520

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-06-16 20:17:46
从图上看,不知道你的marker多大,感觉更像DNA条带。
你的提取方法以前成功过吗?何不试试Trizol或是现在很多的试剂盒?

2000的mark,这是做转录组时公司给的提取方法。这东西真难提取!
3楼2015-06-16 21:50:04
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你这是提DNA啊,只能说,你还没掌握CTAB法提RNA

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2015-06-16 23:34:49
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
还可以,不是太差,可以反转录,pcr试试

[ 发自小木虫客户端 ]
采菊东篱下,悠然见南山。
5楼2015-06-17 00:08:21
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clive931

金虫 (小有名气)

你这步骤难道不是提dna的吗

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2015-06-17 00:38:46
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小茶91520

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Neo2000 at 2015-06-16 23:34:49
你这是提DNA啊,只能说,你还没掌握CTAB法提RNA

不是吧?没提过DNA,如果真是这样,那就白忙活了!
7楼2015-06-17 08:45:47
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小茶91520

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 781055707 at 2015-06-17 00:08:21
还可以,不是太差,可以反转录,pcr试试

这样也行?要不要用DNA酶纯化试试?
8楼2015-06-17 08:47:01
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小茶91520

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by clive931 at 2015-06-17 00:38:46
你这步骤难道不是提dna的吗

是吗?oh, no !
9楼2015-06-17 08:47:54
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晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

2000的marker,那肯定不是RNA了。方法需要改进。
10楼2015-06-17 09:14:45
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