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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接蛋白的选择及分析
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珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接蛋白的选择及分析 已有1人参与

各位大虾：
       没有生物学背景，想请教一下，想做分子对接，从PDB数据库中找到靶标蛋白很多，怎么分析这些蛋白，以用于以后的分子对接研究呢？怎样选择其中一个蛋白，怎么分析这个晶体结构中的配体是哪个，蛋白有几个侧链，数据库中收录的是活性构象还是非活性构象呢？？这些需要下载PDB中参考文献看才能明白，还是从数据库中就能得出结论呢？
      麻烦各位大虾介绍详细一点。谢谢
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1楼 2015-06-09 11:02:27
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

半江月

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
11楼2015-11-12 14:00:18
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by zhangchong9270 at 2015-11-13 15:45:28
看教程，为什么从蛋白中提取出的配体，又重新与该蛋白做对接？

为了验证对接的准确性啊

[ 发自小木虫客户端 ]
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13楼2015-11-14 08:07:39
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普通回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先明确你的研究领域的靶蛋白，靶蛋白是否有晶体结构，如果有的话可以下载具体pdb结构查看，用pymol或者VMD观察结构，一般配体所在的部位即相关活性位点
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2楼2015-06-09 15:39:50
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-06-09 15:39:50
首先明确你的研究领域的靶蛋白，靶蛋白是否有晶体结构，如果有的话可以下载具体pdb结构查看，用pymol或者VMD观察结构，一般配体所在的部位即相关活性位点

有的下载完以后看到里面有好多结构，那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2015-07-01 16:37:28
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J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-07-01 16:37:28
有的下载完以后看到里面有好多结构，那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢？
...

请问楼主解决了吗？
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4楼2015-07-04 09:41:40
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 09:41:40
请问楼主解决了吗？...

我只知道需要从PDB数据库中下载源文献查看，除此外还有什么方法吗？
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5楼2015-07-06 10:18:45
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-07-01 16:37:28
有的下载完以后看到里面有好多结构，那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢？
...

里面如果有配体结构的话，配体所在的位置即为活性位点
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6楼2015-07-08 14:01:43
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pymol at 2015-07-08 14:01:43
里面如果有配体结构的话，配体所在的位置即为活性位点...

楼上我的意思是，有的蛋白-配体复合物下载完以后软件识别出里面有好多配体，那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢？是不是只能从PDB中收录的参考文献下载下来通过查阅文献确定呢？
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7楼2015-07-09 13:20:48
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-07-09 13:20:48
楼上我的意思是，有的蛋白-配体复合物下载完以后软件识别出里面有好多配体，那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢？是不是只能从PDB中收录的参考文献下载下来通过查阅文献确定呢？...

嗯，通过查阅文献最可靠了，文献中对活性位点一般有明确的描述
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

珍维永久
8楼2015-07-16 09:59:55
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珍维永久

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by pymol at 2015-07-16 09:59:55
嗯，通过查阅文献最可靠了，文献中对活性位点一般有明确的描述...

O(∩_∩)O谢谢，问题以解决
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9楼2015-07-17 11:24:55
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by pymol at 2015-07-16 09:59:55
嗯，通过查阅文献最可靠了，文献中对活性位点一般有明确的描述...

你好，请问你在用DS做CDOCKER对接的时候，Top hits、Pose cluster radius和random conformation一般都设置为多少？
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10楼2015-07-17 11:32:32
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