应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接蛋白的选择及分析
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
52/1返回列表
查看: 4161  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接蛋白的选择及分析 已有1人参与

各位大虾：
       没有生物学背景，想请教一下，想做分子对接，从PDB数据库中找到靶标蛋白很多，怎么分析这些蛋白，以用于以后的分子对接研究呢？怎样选择其中一个蛋白，怎么分析这个晶体结构中的配体是哪个，蛋白有几个侧链，数据库中收录的是活性构象还是非活性构象呢？？这些需要下载PDB中参考文献看才能明白，还是从数据库中就能得出结论呢？
      麻烦各位大虾介绍详细一点。谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2015-06-09 11:02:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

半江月

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
11楼2015-11-12 14:00:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先明确你的研究领域的靶蛋白，靶蛋白是否有晶体结构，如果有的话可以下载具体pdb结构查看，用pymol或者VMD观察结构，一般配体所在的部位即相关活性位点
赞一下 回复此楼
2楼2015-06-09 15:39:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-06-09 15:39:50
首先明确你的研究领域的靶蛋白，靶蛋白是否有晶体结构，如果有的话可以下载具体pdb结构查看，用pymol或者VMD观察结构，一般配体所在的部位即相关活性位点

有的下载完以后看到里面有好多结构，那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2015-07-01 16:37:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-07-01 16:37:28
有的下载完以后看到里面有好多结构，那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢？
...

请问楼主解决了吗？
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-04 09:41:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600 286分 材料求调剂 +5 麻辣鱿鱼 2026-03-27 6/300 2026-03-28 04:51 by wxiongid
[考研] 265求调剂 +8 小木虫085600 2026-03-27 8/400 2026-03-27 22:16 by 无际的草原
[考研] 学硕274求调剂 +5 Li李鱼 2026-03-26 5/250 2026-03-27 20:51 by 热情沙漠
[考研] 一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂 +9 vv迷 2026-03-22 9/450 2026-03-27 15:59 by 不吃魚的貓
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-27 7/350 2026-03-27 15:27 by Joe率
[考研] 085600材料与化工调剂 +10 A-哆啦Z梦 2026-03-23 16/800 2026-03-27 15:13 by caszguilin
[考研] 22408 359分调剂 +3 Qshers 2026-03-27 3/150 2026-03-27 12:22 by wxiongid
[考研] 材料求调剂 +8 @taotao 2026-03-21 8/400 2026-03-27 11:21 by wangjy2002
[硕博家园] 北京林业大学硕导招生广告 +6 kongweilin 2026-03-26 8/400 2026-03-27 10:18 by FF_16
[考研] 求调剂 +6 林之夕 2026-03-24 6/300 2026-03-27 08:38 by hypershenger
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-03-26 4/200 2026-03-27 08:04 by chemisry
[考研] 329求调剂 +7 钮恩雪 2026-03-25 7/350 2026-03-27 04:28 by wxiongid
[考研] 086000生物与医药292求调剂 +6 小小陈小小 2026-03-22 9/450 2026-03-26 15:58 by dick_runner
[考研] 297求调剂 +6 田洪有 2026-03-26 6/300 2026-03-26 15:55 by 不吃魚的貓
[考研] 290分调剂求助 +3 吉祥止止陈 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:58 by barlinike
[考研] 293求调剂 +7 加一一九 2026-03-24 7/350 2026-03-25 12:02 by userper
[考研] 一志愿北化315 求调剂 +3 akrrain 2026-03-24 3/150 2026-03-24 19:35 by 了了了了。。
[考博] 26申博自荐 +3 whh869393 2026-03-24 3/150 2026-03-24 09:55 by 21018060
[考研] 306求调剂 +5 来好运来来来 2026-03-22 5/250 2026-03-22 16:17 by BruceLiu320
[考研] 求调剂院校信息 +6 CX 330 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:25 by 无懈可击111
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭