24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 4161  |  回复: 13
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接蛋白的选择及分析 已有1人参与

各位大虾:
       没有生物学背景,想请教一下,想做分子对接,从PDB数据库中找到靶标蛋白很多,怎么分析这些蛋白,以用于以后的分子对接研究呢?怎样选择其中一个蛋白,怎么分析这个晶体结构中的配体是哪个,蛋白有几个侧链,数据库中收录的是活性构象还是非活性构象呢??这些需要下载PDB中参考文献看才能明白,还是从数据库中就能得出结论呢?
      麻烦各位大虾介绍详细一点。谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

半江月

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

11楼2015-11-12 14:00:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
首先明确你的研究领域的靶蛋白,靶蛋白是否有晶体结构,如果有的话可以下载具体pdb结构查看,用pymol或者VMD观察结构,一般配体所在的部位即相关活性位点
2楼2015-06-09 15:39:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-06-09 15:39:50
首先明确你的研究领域的靶蛋白,靶蛋白是否有晶体结构,如果有的话可以下载具体pdb结构查看,用pymol或者VMD观察结构,一般配体所在的部位即相关活性位点

有的下载完以后看到里面有好多结构,那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-07-01 16:37:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-07-01 16:37:28
有的下载完以后看到里面有好多结构,那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢?
...

请问楼主解决了吗?
4楼2015-07-04 09:41:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[材料工程] 一志愿C9材料与化工专业总分300求调剂 +8 曼111 2026-03-24 9/450 2026-03-28 07:58 by YYYYX1234
[考研] 340求调剂 +5 jhx777 2026-03-27 5/250 2026-03-28 04:18 by fmesaito
[考研] 315分求调剂 +7 26考研上岸版26 2026-03-26 7/350 2026-03-28 04:05 by fmesaito
[考研] 275求调剂 +10 jjjjjjjjjjl 2026-03-27 10/500 2026-03-27 23:47 by barnett0632
[有机交流] 高温高压反应求助 10+4 chibby 2026-03-25 4/200 2026-03-27 21:08 by BT20230424
[考研] 一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂 +9 vv迷 2026-03-22 9/450 2026-03-27 15:59 by 不吃魚的貓
[考研] 317求调剂 +7 蛋黄咸肉粽 2026-03-26 7/350 2026-03-27 02:29 by fmesaito
[考研] 341求调剂 +7 青柠檬1 2026-03-26 7/350 2026-03-27 00:19 by wxiongid
[考研] 一志愿郑州大学,080500学硕,总分317分求调剂 +4 举个栗子oi 2026-03-24 5/250 2026-03-26 23:15 by 不吃魚的貓
[考研] 333求调剂 +7 87639 2026-03-21 12/600 2026-03-26 22:08 by 不吃魚的貓
[考研] 321求调剂 +5 材料cailiao 2026-03-21 5/250 2026-03-26 20:41 by fmesaito
[考研] 085602 289分求调剂 +8 WWW西西弗斯 2026-03-24 8/400 2026-03-26 16:33 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 347求调剂 +4 L when 2026-03-25 4/200 2026-03-25 13:37 by cocolv
[考研] 318求调剂 +3 plum李子 2026-03-23 3/150 2026-03-25 09:42 by 雾散后相遇lc
[考研] 材料专硕331求调剂 +4 鲜当牛 2026-03-24 4/200 2026-03-24 15:58 by JourneyLucky
[考研] 277分求调剂,跨调材料 +3 考研调剂lxh 2026-03-24 3/150 2026-03-24 13:52 by JourneyLucky
[考研] 接收2026硕士调剂(学硕+专硕) +4 allen-yin 2026-03-23 6/300 2026-03-23 15:04 by 汪!?!
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
信息提示
请填处理意见