24小时热门版块排行榜    

查看: 4155  |  回复: 13
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接蛋白的选择及分析 已有1人参与

各位大虾:
       没有生物学背景,想请教一下,想做分子对接,从PDB数据库中找到靶标蛋白很多,怎么分析这些蛋白,以用于以后的分子对接研究呢?怎样选择其中一个蛋白,怎么分析这个晶体结构中的配体是哪个,蛋白有几个侧链,数据库中收录的是活性构象还是非活性构象呢??这些需要下载PDB中参考文献看才能明白,还是从数据库中就能得出结论呢?
      麻烦各位大虾介绍详细一点。谢谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

autodock DS软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-06-09 15:39:50
首先明确你的研究领域的靶蛋白,靶蛋白是否有晶体结构,如果有的话可以下载具体pdb结构查看,用pymol或者VMD观察结构,一般配体所在的部位即相关活性位点

有的下载完以后看到里面有好多结构,那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-07-01 16:37:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 09:41:40
请问楼主解决了吗?...

我只知道需要从PDB数据库中下载源文献查看,除此外还有什么方法吗?
5楼2015-07-06 10:18:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by pymol at 2015-07-08 14:01:43
里面如果有配体结构的话,配体所在的位置即为活性位点...

楼上我的意思是,有的蛋白-配体复合物下载完以后软件识别出里面有好多配体,那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢?是不是只能从PDB中收录的参考文献下载下来通过查阅文献确定呢?
7楼2015-07-09 13:20:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by pymol at 2015-07-16 09:59:55
嗯,通过查阅文献最可靠了,文献中对活性位点一般有明确的描述...

O(∩_∩)O谢谢,问题以解决
9楼2015-07-17 11:24:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by pymol at 2015-07-16 09:59:55
嗯,通过查阅文献最可靠了,文献中对活性位点一般有明确的描述...

你好,请问你在用DS做CDOCKER对接的时候,Top hits、Pose cluster radius和random conformation一般都设置为多少?
10楼2015-07-17 11:32:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by zhangchong9270 at 2015-11-13 15:45:28
看教程,为什么从蛋白中提取出的配体,又重新与该蛋白做对接?

为了验证对接的准确性啊

[ 发自小木虫客户端 ]
13楼2015-11-14 08:07:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 珍维永久 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +12 adaie 2026-03-19 12/600 2026-03-26 11:10 by 3Strings
[考研] 0856求调剂 +6 zhn03 2026-03-25 7/350 2026-03-26 08:51 by zhyzzh
[考研] 08工学调剂 +13 用户573181 2026-03-20 18/900 2026-03-25 22:00 by zbssa
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 材料学硕,求调剂 6+4 糖葫芦888ll 2026-03-22 9/450 2026-03-25 11:19 by greychen00
[考研] 318求调剂 +3 plum李子 2026-03-23 3/150 2026-03-25 09:42 by 雾散后相遇lc
[考研] 材料调剂 +6 匹克i 2026-03-23 6/300 2026-03-24 21:09 by greychen00
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +5 谷雨上岸 2026-03-23 6/300 2026-03-24 16:32 by laoshidan
[考研] 一志愿华东理工大学081700,初试分数271 +5 kotoko_ik 2026-03-23 6/300 2026-03-24 10:29 by 学术搬砖er
[基金申请] 请教下大家 2026年国家基金申请是双盲审吗? +3 lishucheng1 2026-03-22 5/250 2026-03-24 08:22 by gltch
[考研] 276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历 +9 材料学257求调剂 2026-03-23 10/500 2026-03-24 07:36 by wangy0907
[考研] 341求调剂(一志愿湖南大学070300) +5 番茄头--- 2026-03-22 6/300 2026-03-23 23:45 by Txy@872106
[考研] 一志愿陕师大生物学071000,298分,求调剂 +3 SYA! 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:09 by macy2011
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap- 2026-03-22 9/450 2026-03-23 12:57 by yqdszhdap-
[考研] 306求调剂 +5 来好运来来来 2026-03-22 5/250 2026-03-22 16:17 by BruceLiu320
[考研] 085600材料与化工306 +4 z1z2z3879 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:44 by ms629
[基金申请] 学校已经提交到NSFC,还能修改吗? 40+4 babangida 2026-03-19 9/450 2026-03-21 16:12 by babangida
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +6 77chaselx 2026-03-20 6/300 2026-03-21 07:24 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见