应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » pymol分析蛋白高级结构
101/1返回列表
查看: 6303  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

紫色的刺客

新虫 (初入文坛)

[交流] pymol分析蛋白高级结构 已有5人参与

第一步就停住了，怎么得到phd文件呀？
我已知蛋白质的氨基酸序列，在PDB上找不到
大家来讨论一下pymol预测蛋白三维结构
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-01-03 11:05:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

alicelchf

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-04 00:29:53
gyesang: 回帖置顶 2014-01-04 00:29:55
pymol需要已经发表的结构。。。。。。
赞一下 回复此楼
修身、齐家、治国、平天下
5楼2014-01-03 16:57:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-04 00:29:44
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧
赞一下 回复此楼
2楼2014-01-03 13:21:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫色的刺客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-03 13:21:19
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧

哦，谢谢了
回复此楼
3楼2014-01-03 13:44:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫色的刺客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-03 13:21:19
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧

还有个问题请教一下，我已知一个基因的三个位点的突变，打算验证是否与抗药性有关，除了做药物试验，我想从蛋白质结构方面分析一下（比如变异位点的结构发生变化），不知道从何入手，我已经在SWISS-MODEL上做了结构预测
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-03 13:47:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫色的刺客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by alicelchf at 2014-01-03 16:57:32
pymol需要已经发表的结构。。。。。。

我在用pymol，为什么输入命令都是说我语法错误 syntaxerror
赞一下 回复此楼
6楼2014-01-03 20:45:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 紫色的刺客 at 2014-01-03 13:47:48
还有个问题请教一下，我已知一个基因的三个位点的突变，打算验证是否与抗药性有关，除了做药物试验，我想从蛋白质结构方面分析一下（比如变异位点的结构发生变化），不知道从何入手，我已经在SWISS-MODEL上做了结构 ...

这方面我知道的有限
不如直接在小木虫搜索相关的经验贴 资源帖 讨论贴
这个问题还是很普遍的 应该很好找
相关的软件教程也应该能找到
赞一下 回复此楼
7楼2014-01-04 08:53:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱的天使13

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用phyre2预测结构
赞一下 回复此楼
8楼2014-01-04 17:31:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 紫色的刺客 at 2014-01-03 13:47:48
还有个问题请教一下，我已知一个基因的三个位点的突变，打算验证是否与抗药性有关，除了做药物试验，我想从蛋白质结构方面分析一下（比如变异位点的结构发生变化），不知道从何入手，我已经在SWISS-MODEL上做了结构 ...

这个问题其实很复杂 没有看起来那么简单
如果只是简单看看结构 你可以把突变前的结构和突变后的结构对比一下看看
因为如果要具体分析，需要分子动力学模拟，如果加入药物还涉及到DOCKING，不是简单就能分析出来的

SWISS-MODEL凑合用吧，一般（注意是一般）来说突变几个位点不会完全让蛋白散架，位点空间位置不太近的话也不大会影响结构整体框架，所以可能有影响的就是局部残基的作用

PS PYMOL只是可视化软件 换句话说就是个三维窗口而已

非专业 个人意见
赞一下 回复此楼
9楼2014-01-10 18:13:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woolley

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 紫色的刺客 at 2014-01-03 13:47:48
还有个问题请教一下，我已知一个基因的三个位点的突变，打算验证是否与抗药性有关，除了做药物试验，我想从蛋白质结构方面分析一下（比如变异位点的结构发生变化），不知道从何入手，我已经在SWISS-MODEL上做了结构 ...

一般来说，如果野生型蛋白有三维结构，只做了3个点突变的话，使用swiss-model就可以得到不错的预测结果。
预测结果里有pdb文件，下载下来就可以使用pymol等软件显示pdb文件
至于其他的分析，比如疏水区域变化啊，电荷分布变化啊之类的，pymol应该是可以做的，不过需要网上查询一下，一般都有现成的protocol
赞一下 回复此楼
10楼2014-03-06 09:04:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 紫色的刺客 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 321求调剂 +4 大米饭！ 2026-03-15 4/200 2026-03-16 08:41 by Linda Hu
[文学芳草园] 伙伴们，祝我生日快乐吧 +15 myrtle 2026-03-10 24/1200 2026-03-15 21:16 by 苏州_逗号
[考博] 欢迎申博同学联系 +3 天道酬勤2026686 2026-03-10 7/350 2026-03-15 19:03 by 天道酬勤2026686
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 290求调剂 +4 @将就将就看 2026-03-10 8/400 2026-03-14 14:23 by 千千运气
[考研] 一志愿安徽大学材料工程专硕313分，求调剂的学校 +8 Yu先生 2026-03-10 10/500 2026-03-14 01:04 by JourneyLucky
[考研] 271求调剂 +10 生如夏花… 2026-03-11 10/500 2026-03-14 00:35 by 卖报员小雨
[考研] 一志愿华中农业大学071010，总分三百二,求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:35 by JourneyLucky
[考研] 279求调剂 +3 Dizzy123@ 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:02 by JourneyLucky
[考研] 0703化学调剂 +4 快乐的香蕉 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中科院，化学方向，295求调剂 +4 一氧二氮 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:35 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工求调剂一志愿 985 总分 295 +8 dream…… 2026-03-12 8/400 2026-03-13 22:17 by 星空星月
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] 一志愿西南交大，材料专硕317求调剂 +5 lx8568 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:43 by peike
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
[考研] 085600 材料与化工 295 求调剂 +10 dream…… 2026-03-10 12/600 2026-03-12 13:46 by dream……
[基金申请] 提交后的基金本子，已让学校撤回了，可否换口子提交 +3 dut_pfx 2026-03-10 3/150 2026-03-11 08:38 by kudofaye
[考研] 279求调剂 +3 莫xiao 2026-03-10 4/200 2026-03-11 08:06 by 斩魂滴兔子！
[考研] 求调剂材料专硕293 +6 段_(:з」∠)_ 2026-03-10 6/300 2026-03-10 18:22 by ms629
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭