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紫色的刺客

新虫 (初入文坛)

[交流] pymol分析蛋白高级结构 已有5人参与

第一步就停住了，怎么得到phd文件呀？
我已知蛋白质的氨基酸序列，在PDB上找不到
大家来讨论一下pymol预测蛋白三维结构
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1楼 2014-01-03 11:05:16
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回帖置顶 ( 共有1个 )

alicelchf

木虫 (著名写手)
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-04 00:29:53
gyesang: 回帖置顶 2014-01-04 00:29:55
pymol需要已经发表的结构。。。。。。
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修身、齐家、治国、平天下
5楼2014-01-03 16:57:32
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普通回帖

Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-04 00:29:44
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧
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2楼2014-01-03 13:21:19
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紫色的刺客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-03 13:21:19
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧

哦，谢谢了
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3楼2014-01-03 13:44:48
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紫色的刺客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-03 13:21:19
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧

还有个问题请教一下，我已知一个基因的三个位点的突变，打算验证是否与抗药性有关，除了做药物试验，我想从蛋白质结构方面分析一下（比如变异位点的结构发生变化），不知道从何入手，我已经在SWISS-MODEL上做了结构预测
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4楼2014-01-03 13:47:48
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紫色的刺客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by alicelchf at 2014-01-03 16:57:32
pymol需要已经发表的结构。。。。。。

我在用pymol，为什么输入命令都是说我语法错误 syntaxerror
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6楼2014-01-03 20:45:03
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
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4楼: Originally posted by 紫色的刺客 at 2014-01-03 13:47:48
还有个问题请教一下，我已知一个基因的三个位点的突变，打算验证是否与抗药性有关，除了做药物试验，我想从蛋白质结构方面分析一下（比如变异位点的结构发生变化），不知道从何入手，我已经在SWISS-MODEL上做了结构 ...

这方面我知道的有限
不如直接在小木虫搜索相关的经验贴 资源帖 讨论贴
这个问题还是很普遍的 应该很好找
相关的软件教程也应该能找到
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7楼2014-01-04 08:53:39
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爱的天使13

新虫 (正式写手)
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用phyre2预测结构
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8楼2014-01-04 17:31:18
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by 紫色的刺客 at 2014-01-03 13:47:48
还有个问题请教一下，我已知一个基因的三个位点的突变，打算验证是否与抗药性有关，除了做药物试验，我想从蛋白质结构方面分析一下（比如变异位点的结构发生变化），不知道从何入手，我已经在SWISS-MODEL上做了结构 ...

这个问题其实很复杂 没有看起来那么简单
如果只是简单看看结构 你可以把突变前的结构和突变后的结构对比一下看看
因为如果要具体分析，需要分子动力学模拟，如果加入药物还涉及到DOCKING，不是简单就能分析出来的

SWISS-MODEL凑合用吧，一般（注意是一般）来说突变几个位点不会完全让蛋白散架，位点空间位置不太近的话也不大会影响结构整体框架，所以可能有影响的就是局部残基的作用

PS PYMOL只是可视化软件 换句话说就是个三维窗口而已

非专业 个人意见
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9楼2014-01-10 18:13:11
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woolley

新虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by 紫色的刺客 at 2014-01-03 13:47:48
还有个问题请教一下，我已知一个基因的三个位点的突变，打算验证是否与抗药性有关，除了做药物试验，我想从蛋白质结构方面分析一下（比如变异位点的结构发生变化），不知道从何入手，我已经在SWISS-MODEL上做了结构 ...

一般来说，如果野生型蛋白有三维结构，只做了3个点突变的话，使用swiss-model就可以得到不错的预测结果。
预测结果里有pdb文件，下载下来就可以使用pymol等软件显示pdb文件
至于其他的分析，比如疏水区域变化啊，电荷分布变化啊之类的，pymol应该是可以做的，不过需要网上查询一下，一般都有现成的protocol
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10楼2014-03-06 09:04:44
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