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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » pymol分析蛋白高级结构
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紫色的刺客

新虫 (初入文坛)

[交流] pymol分析蛋白高级结构已有5人参与

第一步就停住了，怎么得到phd文件呀？
我已知蛋白质的氨基酸序列，在PDB上找不到
大家来讨论一下pymol预测蛋白三维结构
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1楼2014-01-03 11:05:16
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 紫色的刺客 at 2014-01-03 13:47:48
还有个问题请教一下，我已知一个基因的三个位点的突变，打算验证是否与抗药性有关，除了做药物试验，我想从蛋白质结构方面分析一下（比如变异位点的结构发生变化），不知道从何入手，我已经在SWISS-MODEL上做了结构 ...

这个问题其实很复杂 没有看起来那么简单
如果只是简单看看结构 你可以把突变前的结构和突变后的结构对比一下看看
因为如果要具体分析，需要分子动力学模拟，如果加入药物还涉及到DOCKING，不是简单就能分析出来的

SWISS-MODEL凑合用吧，一般（注意是一般）来说突变几个位点不会完全让蛋白散架，位点空间位置不太近的话也不大会影响结构整体框架，所以可能有影响的就是局部残基的作用

PS PYMOL只是可视化软件 换句话说就是个三维窗口而已

非专业 个人意见
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9楼2014-01-10 18:13:11
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-04 00:29:44
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧
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2楼2014-01-03 13:21:19
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紫色的刺客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-03 13:21:19
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧

哦，谢谢了
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3楼2014-01-03 13:44:48
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紫色的刺客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-03 13:21:19
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧

还有个问题请教一下，我已知一个基因的三个位点的突变，打算验证是否与抗药性有关，除了做药物试验，我想从蛋白质结构方面分析一下（比如变异位点的结构发生变化），不知道从何入手，我已经在SWISS-MODEL上做了结构预测
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4楼2014-01-03 13:47:48
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