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霏凡羽凡

银虫 (小有名气)

[求助] 蛋白三级结构预测phyre2给的结果，没怎么看懂，求前辈么看看


毕业论文里要做一张蛋白质的三级结构，我上phyre2提交了我的氨基酸序列，然后发邮件给了我个pdb文件，还有这个，pdb文件用pymol打开说错误，这个图也不知道什么意思，求解惑啊~~~
蛋白三级结构预测phyre2给的结果，没怎么看懂，求前辈么看看
phre2.PNG
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哇哇哇
1楼 2013-05-26 17:20:53
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
霏凡羽凡(silicare代发): 金币+3 2013-05-27 10:50:58
用rasmol试试，更多的软件看这里http://www.mtholyoke.edu/~mglackin/structure.html
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2楼2013-05-27 08:44:35
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stevenshi021

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 鼓励发帖交流 2013-05-28 07:43:38
霏凡羽凡: 金币+7, ★★★很有帮助 2013-05-28 19:37:01
这个说明你给的蛋白序列同源性较低，给出的结果都是片段而不是你蛋白的全长。可信度较低。至于你说打不开pdb文件我就不知道了，我一直可以打开的从这个网站得到的结果！多用几个网站试试，每个网站的计算方法都不一样。
祝好运。
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3楼2013-05-27 11:31:32
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霏凡羽凡

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stevenshi021 at 2013-05-27 11:31:32
这个说明你给的蛋白序列同源性较低，给出的结果都是片段而不是你蛋白的全长。可信度较低。至于你说打不开pdb文件我就不知道了，我一直可以打开的从这个网站得到的结果！多用几个网站试试，每个网站的计算方法都不一 ...

最后不知道怎么打开了，但是只有3个@螺旋，其他啥都没有，第二个结构并没有，谢谢了
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哇哇哇
4楼2013-05-28 19:36:17
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