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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 蛋白三级结构预测
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ONLYRACHEL

新虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白三级结构预测

我有一个蛋白要进行三级结构预测。
    用SWISS-MODEL，结果是 No suitable templates found!Unfortunately, we could not identify useful template structures
    用CPHmodels-3.2 Server，结果Round   0. Hits better than threshold: 0.000010:
Found 0。和Z-Score: 4.2。  Z-score above 10 indicates a high reliability model。说结果不可靠。
    用PHYRE2 Protein Fold Recognition Server。结果出来了一张三维的图。但是Confidence:        53.9%。这个百分率能用吗？
    我这个蛋白是不是没有同源的已知结构的模板？不大懂啊！
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1楼 2013-04-10 20:33:49
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robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
So far as I know, PHYRE2 Protein Fold Recognition Server is the best 3d prediction website. Have you ever search the NCBI to see if any protein related to your protein being crystalizde?
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immunologyparasite
2楼2013-04-11 02:23:36
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zc10052157

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
没有同源模板怎么做预测呢？
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hold住
3楼2013-04-11 09:40:06
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ONLYRACHEL

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by robustli at 2013-04-11 02:23:36
So far as I know, PHYRE2 Protein Fold Recognition Server is the best 3d prediction website. Have you ever search the NCBI to see if any protein related to your protein being crystalizde?

怎么看与我蛋白有关的蛋白有没有crystalizde?
多谢啊！
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4楼2013-04-11 12:40:54
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robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

search the NCBI database
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immunologyparasite
5楼2013-04-12 04:46:17
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