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麦堂straw

银虫 (小有名气)

[求助] 求助B-factor值的计算已有1人参与

温度因子B-factor的概念起源于晶体研究,主要是用来体现晶体中原子构象状态的一种模糊度,实际上反映了蛋白质分子在晶体中的构象状态,B-factor越高,模糊度越大,相应部位的构象就越不稳定或柔性越强。在晶体学数据中B-factor一般是以原子为单位给出的,通常我们将其换算成相应氨基酸残基的B-factor值,从而可以分析氨基酸残基的构象稳定性或其柔性。 研究发现将蛋白质结构中B-factor值较高的氨基酸突变后部分突变体的热稳定性可以得到明显的提高。

本人研三,正处于毕业论文撰写阶段,课题做的突变库的筛选,已得到一株热稳定性提高的突变株,想在讨论里加入一些蛋白三维建模参数分析,其中一项就包括突变前后氨基酸B-factor值的比较,但查了好多资料说是要用分子动力学软件可以计算出来。由于本人对这方面一窍不通,蛋白建模是直接提交到SWISS-MODEL,只会用PyMol查看一下结构,对分子动力学这块确实没有时间没有精力再去研究,也木有安装过任何软件。无奈到小木虫上求助各位大侠们,有没有哪位好心人可以帮我看一下,分析一下氨基酸突变后的参数?   

求赶紧结束毕业论文早日完成毕业大计啊!先谢过啦~~~~
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山有木兮木有枝,心悦君兮君不知。
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iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-08 09:01:35
麦堂straw: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-12-08 09:11:35
才看到 Discovery Studio可以算温度因子

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-12-07 22:27:07
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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麦堂straw: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-12-08 09:11:01
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
3楼2013-12-08 00:04:14
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麦堂straw

银虫 (小有名气)

送红花一朵
nono2009: 屏蔽个人信息 2015-02-25 16:42:04
nono2009: 屏蔽内容 2015-02-25 16:42:10
本帖内容被屏蔽

4楼2013-12-08 09:04:51
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麦堂straw

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by polypro at 2013-12-08 00:04:14
别人写的,可操作
http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289200911962735786/

十分感谢!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
山有木兮木有枝,心悦君兮君不知。
5楼2013-12-08 09:10:17
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xiaowei3820

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

pdb文件直接能读取!
6楼2014-07-22 21:33:18
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