24小时热门版块排行榜    

查看: 6644  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

紫色的刺客

新虫 (初入文坛)

[交流] pymol分析蛋白高级结构 已有5人参与

第一步就停住了,怎么得到phd文件呀?
我已知蛋白质的氨基酸序列,在PDB上找不到
大家来讨论一下pymol预测蛋白三维结构
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woolley

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 紫色的刺客 at 2014-01-03 13:47:48
还有个问题请教一下,我已知一个基因的三个位点的突变,打算验证是否与抗药性有关,除了做药物试验,我想从蛋白质结构方面分析一下(比如变异位点的结构发生变化),不知道从何入手,我已经在SWISS-MODEL上做了结构 ...

一般来说,如果野生型蛋白有三维结构,只做了3个点突变的话,使用swiss-model就可以得到不错的预测结果。
预测结果里有pdb文件,下载下来就可以使用pymol等软件显示pdb文件
至于其他的分析,比如疏水区域变化啊,电荷分布变化啊之类的,pymol应该是可以做的,不过需要网上查询一下,一般都有现成的protocol
10楼2014-03-06 09:04:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-01-04 00:29:44
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧
2楼2014-01-03 13:21:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫色的刺客

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-03 13:21:19
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧

哦,谢谢了
3楼2014-01-03 13:44:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫色的刺客

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2014-01-03 13:21:19
pymol能显示出的都是已知结构的蛋白
预测结构还是用别的吧

还有个问题请教一下,我已知一个基因的三个位点的突变,打算验证是否与抗药性有关,除了做药物试验,我想从蛋白质结构方面分析一下(比如变异位点的结构发生变化),不知道从何入手,我已经在SWISS-MODEL上做了结构预测
4楼2014-01-03 13:47:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +5 bjdxyxy 2026-08-26 5/250 2026-09-01 17:54 by 小伟大博士
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 基金不中,共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
请填处理意见