24小时热门版块排行榜    

查看: 4141  |  回复: 13
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 分子对接蛋白的选择及分析 已有1人参与

各位大虾:
       没有生物学背景,想请教一下,想做分子对接,从PDB数据库中找到靶标蛋白很多,怎么分析这些蛋白,以用于以后的分子对接研究呢?怎样选择其中一个蛋白,怎么分析这个晶体结构中的配体是哪个,蛋白有几个侧链,数据库中收录的是活性构象还是非活性构象呢??这些需要下载PDB中参考文献看才能明白,还是从数据库中就能得出结论呢?
      麻烦各位大虾介绍详细一点。谢谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

autodock DS软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by pymol at 2015-07-16 09:59:55
嗯,通过查阅文献最可靠了,文献中对活性位点一般有明确的描述...

O(∩_∩)O谢谢,问题以解决
9楼2015-07-17 11:24:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
首先明确你的研究领域的靶蛋白,靶蛋白是否有晶体结构,如果有的话可以下载具体pdb结构查看,用pymol或者VMD观察结构,一般配体所在的部位即相关活性位点
2楼2015-06-09 15:39:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-06-09 15:39:50
首先明确你的研究领域的靶蛋白,靶蛋白是否有晶体结构,如果有的话可以下载具体pdb结构查看,用pymol或者VMD观察结构,一般配体所在的部位即相关活性位点

有的下载完以后看到里面有好多结构,那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-07-01 16:37:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-07-01 16:37:28
有的下载完以后看到里面有好多结构,那我怎么确定用哪个配体来定义活性口袋呢?
...

请问楼主解决了吗?
4楼2015-07-04 09:41:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 上海电力大学材料防护与新材料重点实验室招收调剂研究生(材料、化学、电化学,环境) +4 我爱学电池 2026-03-23 4/200 2026-03-25 00:59 by 1027_324
[考研] 一志愿武理085500机械专业总分300求调剂 +3 an10101 2026-03-24 7/350 2026-03-25 00:00 by 山鬼0-
[考研] 材料调剂 +6 匹克i 2026-03-23 6/300 2026-03-24 21:09 by greychen00
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +3 章小鱼567 2026-03-23 3/150 2026-03-24 20:25 by 汪!?!
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +5 谷雨上岸 2026-03-23 6/300 2026-03-24 16:32 by laoshidan
[考研] 300求调剂,材料科学英一数二 +5 leaflight 2026-03-24 5/250 2026-03-24 16:25 by laoshidan
[考研] 299求调剂 +7 某某某某位 2026-03-21 7/350 2026-03-24 15:24 by cuifj
[考研] 【双一流院校新能源、环境材料,材料加工与模拟招收大量调剂】 +4 Higraduate 2026-03-22 7/350 2026-03-24 11:23 by 种大树
[考研] 一志愿华东理工大学081700,初试分数271 +5 kotoko_ik 2026-03-23 6/300 2026-03-24 10:29 by 学术搬砖er
[考研] 一志愿山东大学药学学硕求调剂 +3 开开心心没烦恼 2026-03-23 4/200 2026-03-24 00:06 by 开开心心没烦恼
[考研] 求调剂 +7 十三加油 2026-03-21 7/350 2026-03-23 23:48 by 热情沙漠
[考研] 化学308分求调剂 +3 你好明天你好 2026-03-23 3/150 2026-03-23 20:11 by macy2011
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 求调剂院校信息 +6 CX 330 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:25 by 无懈可击111
[考研] 求调剂 +4 要好好无聊 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:57 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿 西北大学 ,070300化学学硕,总分287,双非一本,求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:15 by JourneyLucky
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
信息提示
请填处理意见