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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 怎么用DS寻找蛋白的结合位点或者是活性位点？
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asd724210

银虫 (初入文坛)

[求助] 怎么用DS寻找蛋白的结合位点或者是活性位点？

如题，谢谢了。。
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1楼 2012-10-26 20:27:40
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wwb168

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:24:58
看文献，找相应的氨基酸
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2楼2012-10-30 14:41:54
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-11-30 09:25:09
利用DS中的对接模块进行对接研究时，活性位点的选择，一般有这么几种方法。首先就是完全靠DS软件根据你要研究的化合物的性质，有DS完成对活性位点的猜测，具体是怎么个过程，你可以好好看看DS寻找活性位点的说明书部分（find active site),这种操作之后，会得到很多组活性位点，然后结合你自己对这个化合物活性位点的理解（一般来源于对文献的阅读），选择你想要的活性位点，进行对接。第二种方法，就是你对要进行对接的化合物有很深的了解，文献中明确的指出，某个或者某几个残基，就是构成活性位点的关键残基。这样，你就可以把这几个氨基酸残基选中，然后以它们为活性位点，定义对接球，从而进行下一步的对接计算。
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努力的生活着
3楼2012-10-30 16:17:22
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Tavel

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:25:17
用SYBYL软件可以直接用Biopolymer/Protein analyse/SiteID寻找蛋白的结合口袋，特别方便
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-11-29 16:59:09
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