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asd724210

银虫 (初入文坛)

[求助] 怎么用DS寻找蛋白的结合位点或者是活性位点?

如题,谢谢了。。
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Tavel

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:25:17
用SYBYL软件可以直接用Biopolymer/Protein analyse/SiteID寻找蛋白的结合口袋,特别方便
4楼2012-11-29 16:59:09
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wwb168

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:24:58
看文献,找相应的氨基酸
2楼2012-10-30 14:41:54
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-11-30 09:25:09
利用DS中的对接模块进行对接研究时,活性位点的选择,一般有这么几种方法。首先就是完全靠DS软件根据你要研究的化合物的性质,有DS完成对活性位点的猜测,具体是怎么个过程,你可以好好看看DS寻找活性位点的说明书部分(find active site),这种操作之后,会得到很多组活性位点,然后结合你自己对这个化合物活性位点的理解(一般来源于对文献的阅读),选择你想要的活性位点,进行对接。第二种方法,就是你对要进行对接的化合物有很深的了解,文献中明确的指出,某个或者某几个残基,就是构成活性位点的关键残基。这样,你就可以把这几个氨基酸残基选中,然后以它们为活性位点,定义对接球,从而进行下一步的对接计算。
努力的生活着
3楼2012-10-30 16:17:22
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