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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请前辈高手帮帮忙
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kevinding

至尊木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请前辈高手帮帮忙

大家好，我现在想做分子对接方面的，想用dock或者DS之类的软件，想请问能不能有一个蛋白表面的位点的快速搜索，也就是让我的配基自己去找合适的位点，能简单告诉我一下方法吗？谢谢！！
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1楼 2010-12-20 12:57:55
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houxuben

木虫 (正式写手)
★ ★
kevinding(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-20 22:22:12
kevinding(金币+1): 2010-12-21 00:02:21
楼主说清楚点,对接软件都可以计算结合位点的吧
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-12-20 20:36:04
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kevinding

至尊木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-20 20:36:04:
楼主说清楚点,对接软件都可以计算结合位点的吧

可以吗？我新手 比如DOCK或者DS怎么计算呢，有没有一些步骤 教程之类的
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3楼2010-12-20 21:49:33
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houxuben

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-21 14:36:51
引用回帖:
Originally posted by kevinding at 2010-12-20 21:49:33:


可以吗？我新手 比如DOCK或者DS怎么计算呢，有没有一些步骤 教程之类的

论坛里很多DS的教程，视频也有，你可以看一下。dock基本是对接的鼻祖，就是现在用的不太多，linux不好操作呀，我这里有官方教程，可以用留个邮箱发给你
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-12-20 22:59:22
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skee2008

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
kevinding(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-21 14:37:03
利用SYBYL里的SiteID功能应该是可以的，还有DS它本身就是在蛋白分子表面地毯式搜索的
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-12-21 13:19:44
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houxuben

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1):thank you 2010-12-21 21:21:53
最好用有配体的蛋白晶体结构，利用自带的配体去确定活性位点~
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6楼2010-12-21 17:04:37
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
kevinding(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-23 15:55:47
InsightII或DS中的affinity也能寻找可能的作用位点。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-12-22 07:40:30
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kevinding

至尊木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-12-22 07:40:30:
InsightII或DS中的affinity也能寻找可能的作用位点。

那有没有详细一点的教程呢 谢谢
赞一下 回复此楼
8楼2010-12-22 21:54:14
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